最直接的原因是在第三新東京市的地下發現了巨大的空洞空間，空洞底下是後來nerv的最終禁區和莉莉絲什麼的，所以就以此作為迎擊使徒來襲的要塞都市。

第三新東京市地表的大樓幾乎都是給eva機體提供支援和補給用的，各處都有eva專用裝備，總部發射eva至地面的發射口，電源插頭。在新劇場版裡還有太陽能發電的大樓，城市四周還有防禦用的金屬板（三機體戰空中使徒那裡）。城市周圍也配備了很多人類用的自動武器對使徒進行攻擊（雖然實質上沒產生多大作用）。還有eva維修的部門等等，都需要聚集在一起。

然後nerv的龐大僱員們，各種工作人員，還有為nerv服務的第三產業人員們也需要生活區域，在動畫初期還有很多普通市民住在第三新東京市，但後來隨著戰鬥烈度擴大，很多市民都搬走了。這一點在真嗣那個軍宅好基友最後給真嗣寫的信裡也透露了出來。

所以最後就有了第三新東京市這個要塞都市，完全為了迎擊使徒而存在。

第二次衝擊導致劇烈的地殼變動並融化了南極冰層，全球海平面上升把東京淹沒，同時發現了在箱根地底巨大空間內的黑之月和莉莉絲。第二新東京市作為第二次衝擊後的日本行政中心而重建，動畫中綾波麗就住在第二新東京市。根據死海文書記載所有使徒必須迴歸莉莉絲，人類作為唯一擁有智慧果實的第十八使徒，必須阻止擁有生命果實的其他使徒接近莉莉絲，否則人類就會滅亡，所以NERY決定以箱根地底空間為依託建立迎擊使徒的要塞都市也即第三新東京市，也方便在消滅所有使徒後實施人類補完計劃（所有人類靈魂迴歸莉莉絲）