我們知道，人體腸道內的細菌，按對人體健康的影響可分為益生菌、有害菌、中性菌三大類。在正常情況下，益生菌如雙歧桿菌、乳酸菌等在數量上處於絕對優勢，而處於有利健康的平衡狀態，此時，這個平衡的微生態系統能淨化腸道，抵禦外來病菌、病毒的侵害，提供營養和協助營養吸收，對維護人體健康起著重要的作用。但是，總有太多不可預期的因素會破壞腸道微生態平衡，破壞雙歧桿菌、乳酸菌等有益菌的生存環境，使其數量急劇下降，改變腸道菌群四定標準狀態，從而讓有害菌肆虐腸道、中性菌倒戈“投敵”，助紂為虐。
但是，如果我們有了益生元作為腸道益生菌的“滋補劑”，就可以促進益生菌的優勢地位的恢復。此外，人體腸道菌群狀況是隨年齡而變化的。初生嬰兒腸道幾乎全是雙歧桿菌，隨著年齡增大，雙歧桿菌減少而有害菌增加，超過60歲後變化更為明顯。有試驗表明，30%的老人腸道中幾乎不存在雙歧桿菌，而腸道中的有害菌魏氏梭菌的檢出率高達80%。因此，老年人有了益生元這個“滋補劑”，腸道菌群狀況會大為改觀。
益生元作為腸道益生菌的“滋補劑”，其生理功能主要是透過促進人體腸內益生菌的繁殖，最佳化菌群平衡來實現的。此外，作為益生元的低聚糖還具有膳食纖維的功能，可增加大便持水性和容量，從而易於排出，還可吸附腸道中的陰離子、膽汁酸，有效降低血脂和膽固醇。具體說來，它具有五大功能：
（1）促進雙歧桿菌生長，調整腸道菌群平衡，改善腸功能。
通常如果大腸中缺乏大腸細菌可利用的糖源，一旦有碳水化合物進入就會對腸道菌群代謝產生重要影響。
大腸菌群利用益生元的能力是不同的。體外試驗結果表明，雙歧桿菌對各種益生元幾乎都可加以利用，而一些有害細菌對大多數益生元幾乎都不能利用或很難利用。以低聚果糖為例，吉布森等在模擬大腸環境的連續培養器中接種糞便進行厭氧培養，以比較各類細菌對各種糖源的利用性。結果表明，雖然低聚果糖也可被大腸菌群發酵生成有機酸，但雙歧桿菌可對其優先利用，而得以旺盛生長，而擬桿菌、梭菌等有害菌和大腸桿菌等中性菌卻都難以對其加以利用，生長受到抑制。
人體試驗表明，各種功能性低聚糖都可以大幅度促進大腸中雙歧桿菌的增殖。以低聚果糖為例，對於體內雙歧桿菌缺乏的老人而言，食用低聚果糖效果更顯著，日高秀昌對23名老人所做的試驗表明，每天服用低聚果糖8克，兩週後，大便中的雙歧桿菌增加了100~1000倍。
（2）產生有機酸，降低腸道pH值，抑制腐敗，預防便秘。
低聚果糖、低聚木糖和低聚半乳糖等各種不消化或難消化低聚糖，食用後直達大腸，在結腸中被大腸菌群發酵作為能源而利用，雙歧桿菌、乳酸菌等有益菌發酵這類碳水化合物，可產生有機酸，其中，95%為醋酸、丙酸、丁酸和乳酸（有機酸濃度可達100~200mM）。這些有機酸被人體吸收利用，人體總能量的10%是由這類短鏈脂肪酸提供的。有機酸還可降低腸道pH值，可有效抑制腸道腐敗產物的生成，並促進腸道蠕動而促進排便。以低聚果糖為例，用小鼠做動物試驗，飼料中新增低聚果糖後，小鼠糞便有機酸可大量增加。
（3）改善脂質代謝，降低血脂和膽固醇。
動物和人體實驗都表明，吃低聚果糖對調節血糖、血壓，降低血清膽固醇，提高HDL/LDL比例有一定效果。雙歧桿菌可產生膽酸水解酶，將結合遊離膽酸，而遊離膽酸可抑制病原菌的生長。當pH為6.0時，膽汁酸可同膽固醇結合而生成沉澱，隨大便排出體外。雙歧桿菌和低聚果糖本身也可吸附膽固醇而隨大便排出，從而可有效調節血脂。此外，低聚果糖被雙歧桿菌發酵而生成的丙酸，可抑制促使膽固醇生成的有關酶類的活性，從而抑制了膽固醇的合成。
糖尿病人服用益生元有奇效
Sanno（1986）對13名Ⅱ型糖尿病人每天給食8~10克Fos（低聚果糖），2~4周後大便中雙歧桿菌增加、pH值下降、LDL和中性脂肪下降、血清總膽固醇水平明顯下降。高橋（1986）對9名腎衰病人每天給食Fos，兩週後大便中雙歧桿菌增加，腐敗菌減少，甘油三脂、膽固醇下降，便秘緩解。
（4）促進鈣、鎂、鋅、鐵等礦物元素的吸收。
不少研究證實，服用以功能性低聚糖為主要成分的益生元，可以促進鈣、鎂、鋅、鐵等礦物元素的吸收，促進兒童生長，防治老年骨質丟失。有人用同位素標記的鈣和鐵，就低聚果糖、低聚半乳糖、棉子糖、異麥芽糖等對鈣吸收的影響做了比較，試驗結果表明低聚果糖可顯著促進鈣、鎂、磷的吸收和骨化，低聚半乳糖次之。
而用含10%低聚果糖的飼料餵養小鼠，試驗結果表明低聚果糖可促進鈣、鐵、鎂、鋅的吸收，並可阻止因缺乏雌性激素而引起的骨質丟失。吃低聚果糖之所以可促進鈣等礦物元素的吸收，很大程度上是依賴低聚果糖被髮酵生成了有機酸，導致腸道pH值下降，使在透過小腸時形成的，由鈣、磷酸鹽、鎂構成的複合物發生溶解而易於吸收。
Niness（1999）對青少年志願者所做試驗結果表明，少年每天食用低聚果糖15克，鈣吸收率增加26%；青年每日食用低聚果糖40克，鈣吸收率可增加58%。
（5）提高免疫力，抑制、預防腫瘤。
腸道菌群與癌症有密切而複雜的關係。我們知道，影響腸道菌群平衡的因素很多，包括飲食結構、生活習慣、免疫力、病原菌感染、精神壓力等，其中與飲食結構的關係最為密切。
高脂食物之所以較易引起結腸癌，是因為動物脂肪可促進膽汁分泌，引起腸道中膽酸和膽固醇的增加，並在腸道細菌作用下，轉化成為次級膽酸、雌激素、環氧化物、芳香族碳氫化物等具有致癌性的物質；而蛋白質則在有害菌作用下可轉化為胺類、亞硝基化物、吲哚、酚類、糞臭素、甲基硫醇、硫化氫等各種有毒致癌物；還有一些在肝臟中與β-葡萄糖醛酸結合而介毒的致癌物質，在有害菌（擬桿菌、梭菌）產生的葡萄糖醛酸酶作用下，被遊離而重新恢復活性。
此時，如果我們食用益生元，可以大大增殖有益菌，增強腸道有益菌的酶活性。有害菌產生的β-葡萄糖醛酸酶、偶氮還原酶、硝基還原酶等能催化前致癌原轉化成為致癌物的酶類物質，會因腸道雙歧桿菌為首的有益菌的增殖，而被大大降低活性。益生元中的功能性低聚糖也能同一定的毒素、病毒和細菌表面結合成一種免疫佐劑。這種免疫佐劑可減緩對抗原的吸收，增強抗原的效果和人體體液免疫力，並且低聚果糖本身也是一種抗原，可刺激機體的免疫力。
我們知道，人體腸道內的細菌，按對人體健康的影響可分為益生菌、有害菌、中性菌三大類。在正常情況下，益生菌如雙歧桿菌、乳酸菌等在數量上處於絕對優勢，而處於有利健康的平衡狀態，此時，這個平衡的微生態系統能淨化腸道，抵禦外來病菌、病毒的侵害，提供營養和協助營養吸收，對維護人體健康起著重要的作用。但是，總有太多不可預期的因素會破壞腸道微生態平衡，破壞雙歧桿菌、乳酸菌等有益菌的生存環境，使其數量急劇下降，改變腸道菌群四定標準狀態，從而讓有害菌肆虐腸道、中性菌倒戈“投敵”，助紂為虐。
但是，如果我們有了益生元作為腸道益生菌的“滋補劑”，就可以促進益生菌的優勢地位的恢復。此外，人體腸道菌群狀況是隨年齡而變化的。初生嬰兒腸道幾乎全是雙歧桿菌，隨著年齡增大，雙歧桿菌減少而有害菌增加，超過60歲後變化更為明顯。有試驗表明，30%的老人腸道中幾乎不存在雙歧桿菌，而腸道中的有害菌魏氏梭菌的檢出率高達80%。因此，老年人有了益生元這個“滋補劑”，腸道菌群狀況會大為改觀。
益生元作為腸道益生菌的“滋補劑”，其生理功能主要是透過促進人體腸內益生菌的繁殖，最佳化菌群平衡來實現的。此外，作為益生元的低聚糖還具有膳食纖維的功能，可增加大便持水性和容量，從而易於排出，還可吸附腸道中的陰離子、膽汁酸，有效降低血脂和膽固醇。具體說來，它具有五大功能：
（1）促進雙歧桿菌生長，調整腸道菌群平衡，改善腸功能。
通常如果大腸中缺乏大腸細菌可利用的糖源，一旦有碳水化合物進入就會對腸道菌群代謝產生重要影響。
大腸菌群利用益生元的能力是不同的。體外試驗結果表明，雙歧桿菌對各種益生元幾乎都可加以利用，而一些有害細菌對大多數益生元幾乎都不能利用或很難利用。以低聚果糖為例，吉布森等在模擬大腸環境的連續培養器中接種糞便進行厭氧培養，以比較各類細菌對各種糖源的利用性。結果表明，雖然低聚果糖也可被大腸菌群發酵生成有機酸，但雙歧桿菌可對其優先利用，而得以旺盛生長，而擬桿菌、梭菌等有害菌和大腸桿菌等中性菌卻都難以對其加以利用，生長受到抑制。
人體試驗表明，各種功能性低聚糖都可以大幅度促進大腸中雙歧桿菌的增殖。以低聚果糖為例，對於體內雙歧桿菌缺乏的老人而言，食用低聚果糖效果更顯著，日高秀昌對23名老人所做的試驗表明，每天服用低聚果糖8克，兩週後，大便中的雙歧桿菌增加了100~1000倍。
（2）產生有機酸，降低腸道pH值，抑制腐敗，預防便秘。
低聚果糖、低聚木糖和低聚半乳糖等各種不消化或難消化低聚糖，食用後直達大腸，在結腸中被大腸菌群發酵作為能源而利用，雙歧桿菌、乳酸菌等有益菌發酵這類碳水化合物，可產生有機酸，其中，95%為醋酸、丙酸、丁酸和乳酸（有機酸濃度可達100~200mM）。這些有機酸被人體吸收利用，人體總能量的10%是由這類短鏈脂肪酸提供的。有機酸還可降低腸道pH值，可有效抑制腸道腐敗產物的生成，並促進腸道蠕動而促進排便。以低聚果糖為例，用小鼠做動物試驗，飼料中新增低聚果糖後，小鼠糞便有機酸可大量增加。
（3）改善脂質代謝，降低血脂和膽固醇。
動物和人體實驗都表明，吃低聚果糖對調節血糖、血壓，降低血清膽固醇，提高HDL/LDL比例有一定效果。雙歧桿菌可產生膽酸水解酶，將結合遊離膽酸，而遊離膽酸可抑制病原菌的生長。當pH為6.0時，膽汁酸可同膽固醇結合而生成沉澱，隨大便排出體外。雙歧桿菌和低聚果糖本身也可吸附膽固醇而隨大便排出，從而可有效調節血脂。此外，低聚果糖被雙歧桿菌發酵而生成的丙酸，可抑制促使膽固醇生成的有關酶類的活性，從而抑制了膽固醇的合成。
糖尿病人服用益生元有奇效
Sanno（1986）對13名Ⅱ型糖尿病人每天給食8~10克Fos（低聚果糖），2~4周後大便中雙歧桿菌增加、pH值下降、LDL和中性脂肪下降、血清總膽固醇水平明顯下降。高橋（1986）對9名腎衰病人每天給食Fos，兩週後大便中雙歧桿菌增加，腐敗菌減少，甘油三脂、膽固醇下降，便秘緩解。
（4）促進鈣、鎂、鋅、鐵等礦物元素的吸收。
不少研究證實，服用以功能性低聚糖為主要成分的益生元，可以促進鈣、鎂、鋅、鐵等礦物元素的吸收，促進兒童生長，防治老年骨質丟失。有人用同位素標記的鈣和鐵，就低聚果糖、低聚半乳糖、棉子糖、異麥芽糖等對鈣吸收的影響做了比較，試驗結果表明低聚果糖可顯著促進鈣、鎂、磷的吸收和骨化，低聚半乳糖次之。
而用含10%低聚果糖的飼料餵養小鼠，試驗結果表明低聚果糖可促進鈣、鐵、鎂、鋅的吸收，並可阻止因缺乏雌性激素而引起的骨質丟失。吃低聚果糖之所以可促進鈣等礦物元素的吸收，很大程度上是依賴低聚果糖被髮酵生成了有機酸，導致腸道pH值下降，使在透過小腸時形成的，由鈣、磷酸鹽、鎂構成的複合物發生溶解而易於吸收。
Niness（1999）對青少年志願者所做試驗結果表明，少年每天食用低聚果糖15克，鈣吸收率增加26%；青年每日食用低聚果糖40克，鈣吸收率可增加58%。
（5）提高免疫力，抑制、預防腫瘤。
腸道菌群與癌症有密切而複雜的關係。我們知道，影響腸道菌群平衡的因素很多，包括飲食結構、生活習慣、免疫力、病原菌感染、精神壓力等，其中與飲食結構的關係最為密切。
高脂食物之所以較易引起結腸癌，是因為動物脂肪可促進膽汁分泌，引起腸道中膽酸和膽固醇的增加，並在腸道細菌作用下，轉化成為次級膽酸、雌激素、環氧化物、芳香族碳氫化物等具有致癌性的物質；而蛋白質則在有害菌作用下可轉化為胺類、亞硝基化物、吲哚、酚類、糞臭素、甲基硫醇、硫化氫等各種有毒致癌物；還有一些在肝臟中與β-葡萄糖醛酸結合而介毒的致癌物質，在有害菌（擬桿菌、梭菌）產生的葡萄糖醛酸酶作用下，被遊離而重新恢復活性。
此時，如果我們食用益生元，可以大大增殖有益菌，增強腸道有益菌的酶活性。有害菌產生的β-葡萄糖醛酸酶、偶氮還原酶、硝基還原酶等能催化前致癌原轉化成為致癌物的酶類物質，會因腸道雙歧桿菌為首的有益菌的增殖，而被大大降低活性。益生元中的功能性低聚糖也能同一定的毒素、病毒和細菌表面結合成一種免疫佐劑。這種免疫佐劑可減緩對抗原的吸收，增強抗原的效果和人體體液免疫力，並且低聚果糖本身也是一種抗原，可刺激機體的免疫力。