登場情況編輯 注：帶★表示動畫特別篇；帶 * 表示雖然有黑衣組織的成員登場，但是與黑衣組織本身無太大關聯。集數標註一律使用日語版官方集數，與國語版等其他版本集數差異的說明詳見“名偵探柯南”詞條。 TV 版 1 雲霄飛車殺人事件 54 電玩公司殺人事件 118 浪花連續殺人事件★ * 128 黑衣組織十億元搶劫事件（部分情節為動畫原創） 129 來自黑衣組織的女子 大學教授殺人事件★ 176 與黑衣組織的再會（灰原篇） 177 與黑衣組織的再會（柯南篇） 178 與黑衣組織的再會（解決篇） 230 神秘的乘客（前篇） 231 神秘的乘客（後篇） 271 急忙掩飾的忽略（前篇） 272 急忙掩飾的忽略（後篇） 286 工藤新一紐約事件（事件篇） 288 工藤新一紐約事件（解決篇） 289 光彥森林迷失記（前篇）* 290 光彥森林迷失記（後篇）* 307 遺留的無聲證言（前篇） 308 遺留的無聲證言（後篇） 309 與黑衣組織的接觸（交涉篇） 310 與黑衣組織的接觸（追跡篇） 311 與黑衣組織的接觸（決死篇） 338 四輛保時捷（前篇） 339 四輛保時捷（後篇） 340 廁所裡隱藏的秘密（前篇） 341 廁所裡隱藏的秘密（後篇） 345 與黑衣組織的直面對決 滿月之夜的雙重謎案★ 425 黑暗衝擊！黑衣組織的魔爪伸來的瞬間★ 462 黑衣組織的影子 年幼的目擊者 463 黑衣組織的影子 奇妙的照明 464 黑衣組織的影子 謎樣的高額報酬 465 黑衣組織的影子 珍珠的流星 484 黑色照片的去向（前篇） 485 黑色照片的去向（後篇） 491 紅與黑的碰撞 開端 492 紅與黑的碰撞 血緣 493 紅與黑的碰撞 絕叫 494 紅與黑的碰撞 冥土 495 紅與黑的碰撞 昏睡 496 紅與黑的碰撞 侵入 497 紅與黑的碰撞 覺醒 黑衣組織 498 紅與黑的碰撞 攪亂 499 紅與黑的碰撞 偽裝 500 紅與黑的碰撞 遺言 501 紅與黑的碰撞 嫌疑 502 紅與黑的碰撞 潔白 503 紅與黑的碰撞 決死 504 紅與黑的碰撞 殉職 563 偵探團VS強盜團（騷動） 564 偵探團VS強盜團（沉默） 578 召喚危機的紅色前兆 579 黑與13的暗示 580 逼近的黑色時刻 581 紅色的搖擺目標 667 婚禮前夜（前篇）* 668 婚禮前夜（後篇）* 671 偵探們的夜想曲（案件）* 672 偵探們的夜想曲（綁架）* 673 偵探們的夜想曲（推理）* 674 偵探們的夜想曲（波本） 681 以性命為賭注的戀愛轉播（轉播開始）* 683 以性命為賭注的戀愛轉播（現場突入）* 699 逼近灰原秘密的黑影（前篇）* 700 逼近灰原秘密的黑影（後篇） 701 漆黑的特快列車（發車） 702 漆黑的特快列車（隧道） 703 漆黑的特快列車（交叉） 704 漆黑的特快列車（終點） 705 密室中的柯南 * 706 解謎的波本 722 香甜冰涼的快遞（前篇） * 723 香甜冰涼的快遞（後篇） * 734 茱蒂的追憶與賞花的陷阱★ 739 小五郎在酒吧裡（後篇） 740 小蘭也倒在浴室裡了（前篇） 770 氣氛僵硬的茶會（前篇） 771 氣氛僵硬的茶會（後篇） 779 緋色的序章 780 緋色的追尋 781 緋色的交錯 782 緋色的迴歸 783 緋色的真相 漫畫版 注：三個數字分別表示卷數、話數和總話數，如“01/01 001”表示“第1卷第1話，總第1話”。 01/01 001 現代的福爾摩斯 01/02 002 變成小孩子的名偵探 02/04 014 行蹤不明的男子 02/05 015 可憐的少女 02/06 016 追蹤高大的男人 02/07 017 惡魔一樣的主謀 04/04 033 黑色公事包之謎（對應動畫被修改為與組織無關） 12/04 114 突如其來的遭遇 12/05 115 炸彈的下落 12/06 116 柯南失算了 18/06 176 轉學生 18/07 177 黑衣女郎 18/08 178 秘密組織成員·代號雪莉 18/09 179 偽裝的少女 18/10 180 將死 19/01 181 為什麼？ 19/09 189 被狙擊的球！ 19/10 190 5萬6千名人質 20/01 191 遠方之眼 24/07 238 背叛的街角 24/08 239 漆黑的喪葬行列 24/09 240 不告而別 24/10 241 來自過去的子彈 24/11 242 白色世界 29/03 287 看不見的恐怖 29/04 288 危險訊號 29/05 289 光天化日下的埋伏 34/11 350 金蘋果① 35/01 351 金蘋果② 35/02 352 金蘋果③ 35/03 353 金蘋果④ 35/04 354 金蘋果⑤ 37/05 377 黑暗的足跡① 37/06 378 黑暗的足跡② 37/07 379 黑暗的足跡③ 37/08 380 白雪…黑影… 37/09 381 危險的相遇 37/10 382 順風車 38/01 383 新兵器！ 41/10 423 到訪者留下的謎 41/11 424 小小密室的秘密 42/01 425 隱藏的真相 42/05 429 月圓之夜和黑宴 42/06 430 染血的幽靈船 42/07 431 隱形人出現 42/08 432 工藤新一登場 42/09 433 面具下的真相 42/10 434 腐壞的蘋果 46/07 475 封印 48/09 499 門鈴怪客 48/10 500 新黑衣人 49/01 501 追蹤目標 49/02 502 新的指令 49/03 503 黑衣組織vsFBI ① 49/04 504 黑衣組織vsFBI ② 53/07 550 目擊者一人 53/08 551 釘子與蛇 53/09 552 錘子的真面目 53/10 553 不可思議的兼職 54/01 554 晚餐的選單 54/02 555 夢中之星 57/09 595 烏鴉之歌 57/10 596 第二條線 57/11 597 假患者 58/01 598 跟蹤，然後…… 58/02 599 赤井的過去 58/03 600 孤注一擲 58/04 601 偽裝 58/05 602 最終手段 58/06 603 任務 58/07 604 姐弟 58/08 605 意外的嫌疑人 58/09 606 13日又是星期五 58/10 607 卡邁爾的過去 58/11 608 魔法的咒語 59/01 609 鋼楔 60/03 622 紅白黃色 60/04 623 黑白君 60/05 624 新鄰居 64/01 664 一角巖 64/03 666 殺氣 65/03 677 命運之人 65/04 678 陷阱 65/05 679 搖擺的心 65/06 680 與危險的二人同行 67/03 699 期待明天 67/04 700 危險地帶 67/05 701 赤與13的暗示 67/06 702 炸彈犯的目的 67/07 703 暴風雪中的真相 67/08 704 寂靜的戰爭 72/04 755 通話程式碼 74/02 775 影片網站 74/03 776 罐子和貓 74/04 777 步美的痕跡 75/09 793 私家偵探 * 75/10 794 遺傳資訊 * 75/11 795 迴歸於火焰的命運 * 76/01 796 相約科倫坡 * 76/02 797 錯綜複雜的謊言與謎題 * 76/03 798 偵探們的夜想曲 * 76/04 799 小孩的好奇心和偵探的探究心 * 76/05 800 立體交錯的思緒 76/06 801 完全不笑的人 76/07 802 別擺出那副表情 76/09 804 高木警官送來的禮物 * 77/02 808 遲到的掃墓 * 77/09 815 自己的地盤 77/11 817 燈下的孤影 78/01 818 神秘列車（啟程） 78/02 819 神秘列車（隧道） 78/03 820 神秘列車（一等） 78/04 821 神秘列車（交叉） 78/05 822 神秘列車（攔截） 78/06 823 神秘列車（冒煙） 78/07 824 神秘列車（終點） 78/08 825 特別教練 * 78/09 826 消失的密室鑰匙 * 78/10 827 解謎的鑰匙 80/03 842 貓咪快遞 * 80/04 843 送往工藤家的快遞 * 80/11 850 波本的目的 81/01 851 茱蒂的追憶 * 81/02 852 赤井秀一的訊息 81/05 855 偵探在酒吧解決案件 81/06 856 外遇調查 82/04 865 三色貓大尉 * 82/05 866 貓著真心 * 84/06 888 氣氛僵硬的茶會 84/07 889 零 84/08 890 高速飛濺的血跡 84/09 891 最後的一片 84/10 892 從我的日本離開… 84/11 893 波本的追究，緋色的序章 85/01894 緋色的疑惑 85/02895 緋色的訊問 85/03896 緋色的迴歸 85/04 897 緋色的真相 85/05898 緋色的尾聲
登場情況編輯 注：帶★表示動畫特別篇；帶 * 表示雖然有黑衣組織的成員登場，但是與黑衣組織本身無太大關聯。集數標註一律使用日語版官方集數，與國語版等其他版本集數差異的說明詳見“名偵探柯南”詞條。 TV 版 1 雲霄飛車殺人事件 54 電玩公司殺人事件 118 浪花連續殺人事件★ * 128 黑衣組織十億元搶劫事件（部分情節為動畫原創） 129 來自黑衣組織的女子 大學教授殺人事件★ 176 與黑衣組織的再會（灰原篇） 177 與黑衣組織的再會（柯南篇） 178 與黑衣組織的再會（解決篇） 230 神秘的乘客（前篇） 231 神秘的乘客（後篇） 271 急忙掩飾的忽略（前篇） 272 急忙掩飾的忽略（後篇） 286 工藤新一紐約事件（事件篇） 288 工藤新一紐約事件（解決篇） 289 光彥森林迷失記（前篇）* 290 光彥森林迷失記（後篇）* 307 遺留的無聲證言（前篇） 308 遺留的無聲證言（後篇） 309 與黑衣組織的接觸（交涉篇） 310 與黑衣組織的接觸（追跡篇） 311 與黑衣組織的接觸（決死篇） 338 四輛保時捷（前篇） 339 四輛保時捷（後篇） 340 廁所裡隱藏的秘密（前篇） 341 廁所裡隱藏的秘密（後篇） 345 與黑衣組織的直面對決 滿月之夜的雙重謎案★ 425 黑暗衝擊！黑衣組織的魔爪伸來的瞬間★ 462 黑衣組織的影子 年幼的目擊者 463 黑衣組織的影子 奇妙的照明 464 黑衣組織的影子 謎樣的高額報酬 465 黑衣組織的影子 珍珠的流星 484 黑色照片的去向（前篇） 485 黑色照片的去向（後篇） 491 紅與黑的碰撞 開端 492 紅與黑的碰撞 血緣 493 紅與黑的碰撞 絕叫 494 紅與黑的碰撞 冥土 495 紅與黑的碰撞 昏睡 496 紅與黑的碰撞 侵入 497 紅與黑的碰撞 覺醒 黑衣組織 498 紅與黑的碰撞 攪亂 499 紅與黑的碰撞 偽裝 500 紅與黑的碰撞 遺言 501 紅與黑的碰撞 嫌疑 502 紅與黑的碰撞 潔白 503 紅與黑的碰撞 決死 504 紅與黑的碰撞 殉職 563 偵探團VS強盜團（騷動） 564 偵探團VS強盜團（沉默） 578 召喚危機的紅色前兆 579 黑與13的暗示 580 逼近的黑色時刻 581 紅色的搖擺目標 667 婚禮前夜（前篇）* 668 婚禮前夜（後篇）* 671 偵探們的夜想曲（案件）* 672 偵探們的夜想曲（綁架）* 673 偵探們的夜想曲（推理）* 674 偵探們的夜想曲（波本） 681 以性命為賭注的戀愛轉播（轉播開始）* 683 以性命為賭注的戀愛轉播（現場突入）* 699 逼近灰原秘密的黑影（前篇）* 700 逼近灰原秘密的黑影（後篇） 701 漆黑的特快列車（發車） 702 漆黑的特快列車（隧道） 703 漆黑的特快列車（交叉） 704 漆黑的特快列車（終點） 705 密室中的柯南 * 706 解謎的波本 722 香甜冰涼的快遞（前篇） * 723 香甜冰涼的快遞（後篇） * 734 茱蒂的追憶與賞花的陷阱★ 739 小五郎在酒吧裡（後篇） 740 小蘭也倒在浴室裡了（前篇） 770 氣氛僵硬的茶會（前篇） 771 氣氛僵硬的茶會（後篇） 779 緋色的序章 780 緋色的追尋 781 緋色的交錯 782 緋色的迴歸 783 緋色的真相 漫畫版 注：三個數字分別表示卷數、話數和總話數，如“01/01 001”表示“第1卷第1話，總第1話”。 01/01 001 現代的福爾摩斯 01/02 002 變成小孩子的名偵探 02/04 014 行蹤不明的男子 02/05 015 可憐的少女 02/06 016 追蹤高大的男人 02/07 017 惡魔一樣的主謀 04/04 033 黑色公事包之謎（對應動畫被修改為與組織無關） 12/04 114 突如其來的遭遇 12/05 115 炸彈的下落 12/06 116 柯南失算了 18/06 176 轉學生 18/07 177 黑衣女郎 18/08 178 秘密組織成員·代號雪莉 18/09 179 偽裝的少女 18/10 180 將死 19/01 181 為什麼？ 19/09 189 被狙擊的球！ 19/10 190 5萬6千名人質 20/01 191 遠方之眼 24/07 238 背叛的街角 24/08 239 漆黑的喪葬行列 24/09 240 不告而別 24/10 241 來自過去的子彈 24/11 242 白色世界 29/03 287 看不見的恐怖 29/04 288 危險訊號 29/05 289 光天化日下的埋伏 34/11 350 金蘋果① 35/01 351 金蘋果② 35/02 352 金蘋果③ 35/03 353 金蘋果④ 35/04 354 金蘋果⑤ 37/05 377 黑暗的足跡① 37/06 378 黑暗的足跡② 37/07 379 黑暗的足跡③ 37/08 380 白雪…黑影… 37/09 381 危險的相遇 37/10 382 順風車 38/01 383 新兵器！ 41/10 423 到訪者留下的謎 41/11 424 小小密室的秘密 42/01 425 隱藏的真相 42/05 429 月圓之夜和黑宴 42/06 430 染血的幽靈船 42/07 431 隱形人出現 42/08 432 工藤新一登場 42/09 433 面具下的真相 42/10 434 腐壞的蘋果 46/07 475 封印 48/09 499 門鈴怪客 48/10 500 新黑衣人 49/01 501 追蹤目標 49/02 502 新的指令 49/03 503 黑衣組織vsFBI ① 49/04 504 黑衣組織vsFBI ② 53/07 550 目擊者一人 53/08 551 釘子與蛇 53/09 552 錘子的真面目 53/10 553 不可思議的兼職 54/01 554 晚餐的選單 54/02 555 夢中之星 57/09 595 烏鴉之歌 57/10 596 第二條線 57/11 597 假患者 58/01 598 跟蹤，然後…… 58/02 599 赤井的過去 58/03 600 孤注一擲 58/04 601 偽裝 58/05 602 最終手段 58/06 603 任務 58/07 604 姐弟 58/08 605 意外的嫌疑人 58/09 606 13日又是星期五 58/10 607 卡邁爾的過去 58/11 608 魔法的咒語 59/01 609 鋼楔 60/03 622 紅白黃色 60/04 623 黑白君 60/05 624 新鄰居 64/01 664 一角巖 64/03 666 殺氣 65/03 677 命運之人 65/04 678 陷阱 65/05 679 搖擺的心 65/06 680 與危險的二人同行 67/03 699 期待明天 67/04 700 危險地帶 67/05 701 赤與13的暗示 67/06 702 炸彈犯的目的 67/07 703 暴風雪中的真相 67/08 704 寂靜的戰爭 72/04 755 通話程式碼 74/02 775 影片網站 74/03 776 罐子和貓 74/04 777 步美的痕跡 75/09 793 私家偵探 * 75/10 794 遺傳資訊 * 75/11 795 迴歸於火焰的命運 * 76/01 796 相約科倫坡 * 76/02 797 錯綜複雜的謊言與謎題 * 76/03 798 偵探們的夜想曲 * 76/04 799 小孩的好奇心和偵探的探究心 * 76/05 800 立體交錯的思緒 76/06 801 完全不笑的人 76/07 802 別擺出那副表情 76/09 804 高木警官送來的禮物 * 77/02 808 遲到的掃墓 * 77/09 815 自己的地盤 77/11 817 燈下的孤影 78/01 818 神秘列車（啟程） 78/02 819 神秘列車（隧道） 78/03 820 神秘列車（一等） 78/04 821 神秘列車（交叉） 78/05 822 神秘列車（攔截） 78/06 823 神秘列車（冒煙） 78/07 824 神秘列車（終點） 78/08 825 特別教練 * 78/09 826 消失的密室鑰匙 * 78/10 827 解謎的鑰匙 80/03 842 貓咪快遞 * 80/04 843 送往工藤家的快遞 * 80/11 850 波本的目的 81/01 851 茱蒂的追憶 * 81/02 852 赤井秀一的訊息 81/05 855 偵探在酒吧解決案件 81/06 856 外遇調查 82/04 865 三色貓大尉 * 82/05 866 貓著真心 * 84/06 888 氣氛僵硬的茶會 84/07 889 零 84/08 890 高速飛濺的血跡 84/09 891 最後的一片 84/10 892 從我的日本離開… 84/11 893 波本的追究，緋色的序章 85/01894 緋色的疑惑 85/02895 緋色的訊問 85/03896 緋色的迴歸 85/04 897 緋色的真相 85/05898 緋色的尾聲