喀喇汗王朝得以崛起，是伴隨著原控制中亞河中地區的薩曼王朝的衰敗而出現的，在毀滅並瓜分薩曼王朝遺產的過程中，喀喇汗諸汗得到了伽色尼王朝蘇丹馬赫穆德、馬斯烏德父子的有力支援，在打垮中亞軍閥勢力阿里特勤的戰爭史，雙方進一步鞏固了聯盟。但在以塞爾柱人為首的突厥部落聯盟反對伽色尼王朝的統治而展開的鬥爭中，喀喇汗王朝的立場發生了動搖，起因是1034年喀喇汗王朝的博格拉汗穆罕默德向伽色尼王朝蘇丹馬斯烏德的妹妹澤納博求婚，遭到了馬斯烏德的拒絕。感到羞辱的喀喇汗統治者憤然與塞爾柱首領託格魯爾結盟，這對當時處於劣勢的塞爾柱人是個巨大的鼓舞。。。。

當塞爾柱帝國在阿爾普•阿爾斯蘭統治下，控制整個西亞及中亞西部時，喀喇汗王朝卻因內訌分裂成了東西兩部，因西喀喇汗納賽爾的拒絕臣服，阿爾普•阿爾斯蘭曾於1072年率20萬大軍攻伐中亞，但因後者的遇刺，這次攻伐無疾而終。到了1074年，塞爾柱帝國新領袖馬利克沙再次以大軍進犯撒馬爾罕，西喀喇汗王朝以求和告終。1089年，馬利克沙再次攻伐河中，在攻取布哈拉後，在撒馬爾罕俘虜了負隅頑抗的西喀喇汗阿赫馬德，而東喀喇汗的哈桑汗，聞訊後，主動遣使歸順，至此，東西喀喇汗政權均成為塞爾柱帝國的附庸。

到了公元1130年，因為塞爾柱帝國的分裂和內戰頻發，喀喇汗王朝遂不甘於附庸的政治地位，當時的阿爾斯蘭汗穆罕默德公然宣佈獨立，並派遣刺客行刺塞爾柱帝國東部首領——蘇丹桑賈爾，由於行刺失敗，桑賈爾蘇丹以七萬大軍進入河中，攻佔撒馬爾罕城，俘虜了阿爾斯蘭汗，再次降伏了喀喇汗內部的反抗勢力。

公元1137年5、6月間，已鞏固了七河地區統治的西遼軍隊向西推進，在和氈地區粉碎了被塞爾柱人扶持的西喀喇汗馬赫穆德的軍隊。之後，西喀喇汗政權內部發生衝突，葛邏祿部落向西遼皇帝耶律大石求援，而西喀喇汗馬赫穆德則求援於自己的宗主塞爾柱蘇丹桑賈爾。為避免大規模衝突，耶律大石遣使替葛邏祿人向桑賈爾蘇丹求情，但得到的卻是蘇丹輕侮的回答，憤怒的西遼皇帝決定立刻征伐河中，於是著名的卡特萬戰役於1141年爆發，會戰以塞爾柱帝國及西吉斯坦、西喀喇汗聯軍的慘敗告終，桑賈爾蘇丹及西喀喇汗馬赫穆德均被迫逃離河中，從此，東西喀喇汗政權改歸為西遼王朝的附庸。

塞爾柱：中亞突厥語族的烏古斯部落聯盟的一支建立的國家，後進入阿拉伯阿拔斯王朝，控制了哈里發，成為領有中亞西亞的大霸主。

西遼：遼朝滅亡後，耶律家族的耶律大石率部西遷後，在中亞一帶建立的國家，首都虎思斡耳朵（今吉爾吉斯的托克馬克）

喀喇汗國：回鶻汗國被黠戛斯（吉爾吉斯人的祖先）滅亡後，一部分南遷，進入中亞，和當地的突厥語部落葛羅祿人融合建立的國家。

塞爾柱蘇丹桑加爾後來在卡特萬大戰中敗給了西遼的耶律大石，喀喇汗國也成為西遼的附庸國。

他們起初是並存關係，後來被西遼收拾。

值得說明的是，喀喇汗在統治新疆期間，開始了伊斯蘭化的程序，徹底改變了新疆的政治生態，影響深遠。