最為常見的登月陰謀論支持者的質問，主要在於以下幾點，實際上都已經被科學地解釋：

1，質疑：太空人插美國國旗時，國旗明顯被風吹動，但月球上應無空氣。解釋：國旗上有金屬桿支撐，在真空下因為沒有空氣的阻礙，因此金屬桿的慣性動作能維持較長時間；流言終結者亦有在真空中作出實驗證明此點。

2，質疑：登月照片中沒有星星。解釋：月球沒有空氣，因此物體能直接反射Sunny，底片如果曝光時間長至能映出星星，則會造成曝光過多而不能映出要映的太空人和登月器材。

3，質疑：登月艇降落點相片沒有撞擊地面的坑洞。解釋：因為有使用反向噴射，著陸並不是硬性撞擊，因此沒有坑洞。

4，質疑：登月艇降落時會噴射減速，並吹走附近沙土，因此不可能留下太空人的腳印。解釋：月球上沒有空氣，因此噴射不會造成亂流，只有登月艇下方的塵土會被吹走，而且只會散佈在旁邊。

5，質疑：月球上唯一光源應為太陽，但照片中在陰影中的物體還是有反光，因此是有經過器材補光。解釋：在月球上，能看到地球，此為地球上看的月球15倍大小，及100倍光度；而且月球表面反光度很高，有著像反光板的作用(根據流言終結者的資料，月面反光度約為10%)。

6，質疑：在單一光源（太Sunny）下的影子應該是平行的，但登月照片中的影子不是平行。解釋：月球地表並非平坦，在斜坡上的影子並非和平地上的影子平行是正常現象。另外，如果有多個光源，不可能只有一個陰影，因此唯一解釋為地面不平坦，不可能為多個光源。

7，質疑：多幅不同的照片背景都一樣，證明背景只是一個佈景板。解釋：多幅照片中的背景是同一座遠處的山，而且各照片中都有角度差異，而非完全一樣；如果是佈景板，就不會出現角度差異。

8，質疑：登月艇中的太空人只要稍微走動就會讓登月艇偏離軌道然後墜毀。解釋：這是對登月艇的控制不熟所想像出來的謬誤，實際上登月艇能自動調整反應。

9，質疑：登月艇的脫離火箭沒有噴射時的火焰，因此一定是用吊機吊起來而非火箭。解釋：人不能用肉眼看到的火焰很多，登月艇的燃料本來就是會作出人肉眼看不到的噴焰；噴射戰機的噴焰也是同樣的道理。

10，質疑：登月艇的脆弱性與發動機功率明顯不如登月火箭，不可能脫離月球重力圈。解釋：月球重力僅地球1/6，且沒有大氣，需要耗費的燃料遠遠比脫離地球表面小得多。且脫離月球重力圈是指揮艙與服務艙的事情，登月小艇僅需回到繞月軌道即可。

11，質疑：把登月影片用慢鏡重播就能發現和地上的動作一樣，因此只是在地球拍攝後用不同速度來假造月球低重力的假象。解釋：登月車揚起的塵土都是用拋物線軌跡回落至地面，而非像地球有空氣的狀況下受到空氣阻力而四散；另外，各動作就算速度配合地球一般動作的狀況下，還是有所不同，流言終結者亦曾以各種好萊塢拍攝手法試圖偽造出相同的照片，還是不能作出相同的動作片段，只有在模擬低重力的飛機上才可以作出一樣的動作，但飛機的低重力時間及空間不足以拍攝登月片段，證明片段不可能在地球重力下偽造。

12，質疑：月球上沒有大氣及液態水份，腳印不可能那麼清楚。解釋：正是因為月球上沒有這些東西，因此沙土並不像地球上那樣被風化變成圓粒狀而容易崩潰；沙粒呈更不規則的型態，使得沒有水份也還是不易於改變排列，此實驗經由流言終結者測試，證明沒有水份及真空狀態下，不規則狀的沙土還是能給予清晰的腳印。

13，質疑：拒絕配合的太空人都已死亡。解釋：陰謀論者無法證實意外死亡的太空人均是“拒絕配合”。

14，質疑：美國1960年代時的登月計劃在10年內從無到有，卻接連40多年未再登月，今日科技較先前進步，登月卻需要準備整整20年以上才能於2019年6月重新返月，前前後後竟整整相隔了50年。請參見月球探測任務列表#長遠計劃、星座計劃及獵戶座太空船。解釋：發展目標不同，當年僅需登月插美國國旗即可，後續美國國會以及民眾以太空探測無益民生、美國參加越戰為理由，常常刪除探測預算，並要求太空計劃轉向關心地球。目前重返月球的計劃以開發各種礦物及氦三礦為主，與當年插旗宣揚國威相比，其複雜度是後者無法比擬的。而且，大型計劃的進行有時不能單純以科技程度來衡量：例如人類未使用電腦前即已造出第一代核子武器、20世紀初期已經有強國的大型艦隊在海洋上進行戰鬥，時至今日各主要國家科技能力都遠勝當年，卻不是每個國家都有能力造出當年美日等級的海上艦隊以及核子武器。

15，質疑：登月母帶失蹤。解釋：登月使用的慢電視轉播，遺失的是母片轉出的第一批動態膠捲，而非母片。而且目前已經找到，並重新恢復公開。

16，質疑：登月太空人，例如尼爾·阿姆斯壯、伯茲·艾德林等人，甚至美國國家航空航天局官方，皆對登月之說保持沉默或未正面迴應。（陰謀論之二：登月太空人部分死亡於月球，今日存活之太空人為替身。）解釋：兩人回憶錄均提及登月，並譴責陰謀論者“即使帶他們到月球，他們也只會覺得是另一個攝影棚”。美國國家航空航天局官方於2002年時曾經考慮過出版專門書籍否定陰謀論者，但是在收到大量投訴美國國家航空航天局此舉太過抬高陰謀論的地位之後，就停止了與作者的契約。但是該書作者還是決定出版。

17，質疑：土星五號藍圖丟失，後續計劃未繼續使用。解釋：1.土星五號仍有實體公開展示。2.阿波羅計劃結束後的太空實驗室採用土星五號火箭。3.地球軌道任務不需要土星五號等級火箭推送，一如到家門口便利商店買飯不需要坐飛機。4.土星五號之設計以今日觀點而言已經落伍，新火箭即將誕生。

18，質疑：英國郵報2009年8月29日報道，荷蘭阿姆斯特丹RIJKS博物館的研究人員日前證實，美國上個世紀60年代阿波羅登月計劃所取回並贈送與荷蘭的“月球岩石”為造假。其主要成份為石化木頭。此樣本為1969年10月，人類首次登上月球的3名“阿波羅11號”宇航員前往荷蘭訪問時，贈送與荷蘭前首相威廉·德里斯的禮品。解釋：當年有超過一百個國家收到月球岩石，這次的假岩石實際上也是由私人保管並非國家保管。其他百個國家並未有聲稱他們收到的月球岩石為假。但此事件的具體原因仍然不詳。