主要有以下幾個因素，

第一，年紀原因，當時三代已經七十有餘，各方面實力大不如從前，而大蛇丸正值壯年，剛剛換過身體，堪稱實力顛峰

第二，三代的於心不忍，大蛇丸是三代最得意以及最心愛的弟子，當年三代就放過了大蛇丸，這次，三代也只是想制服他，而不是殺了他

第三，大蛇丸準備充分，穢土外掛大大增強整體戰力，若沒有穢土的話，就自身戰力，大蛇丸仍不是老年三代的對手！

兩種說法，一種是三代火影輸了，一種是三代火影贏了。忍者的世界裡，有人信奉忍術，有人熱衷體術，有人擅長幻術，大蛇丸厲害了，他相信科學！

個人戰役:

如果從個人戰役來說的話，三代火影輸了，但也並不完全對。在早期的設定中，三代火影猿飛日斬是設定為歷代最強火影，精通五系忍術，實力很強大的。

當然，早期設定強大並不只三代火影，傳說中的三忍也是boss級別角色。曾經鬼鮫和宇智波鼬潛入木葉村，遇到自來也，說三忍是超越宇智波一族和霧忍七人眾的存在的。

宇智波鼬說對上三忍之一，兩人都會被幹掉。也就是說，早期的設定裡，大蛇丸和三代火影都是巔峰忍者，也正因此，那時候給了火影迷不少的誤導，大蛇丸就是最後的boss。

三代火影打的是三個影級忍者。大蛇丸的穢土轉生可是召喚出兩個獨立的個體的，它不像影分身那樣需要將查克拉平分，是完完整整的三個影啊！三代火影最終反殺兩個外加大蛇丸一對手，堪稱巔峰戰績了。總不能你說三個人打我，我反殺了兩個半你還要說我輸吧。

公式書上對於兩人的數值進行公佈過，三代火影僅僅在力、速、精三項數值輸給了大蛇丸，也就是說，三代火影並不一定是輸給了大蛇丸，他只是輸給了歲月。

政治博弈:

另一方面來說，是三代火影贏了。大蛇丸的毀滅木葉村計劃本身就是一場野心派高層和三代火影的一場博弈。大蛇丸與志村團藏攜手，搞掉猿飛日斬這些保守派，然後再以木葉村發起大戰，用大力氣統一忍界，這都是為了用另一種方式增強木葉實力。當然，大蛇丸沒能將計劃實施到底，三代火影保護好了木葉村，所以是猿飛贏了。

三代火影敗給了大蛇丸主要是因為年齡原因，都七八十的老爺子了，跟一個年齡差不多二三十的人打，我這裡說的不是大蛇丸的年齡，而是大蛇丸不屍轉生得來的年輕肉體。查克拉總量差距太大了。

四代死之後，大蛇丸因為研究禁術被村子裡的人知道了，當時三代親自去抓他，那個時候三代三代的通靈獸猿魔說過，要殺大蛇丸只有現在了，因為那會兒三代已經開始從壯年期轉向暮年期了。水平只會變得越來越低。

而且，最後三代輸給大蛇丸也不會完敗，而是惜敗，最後如果不是個人年齡太大，加上提前把是鬼封禁這個術的作用效果說出來，恐怕大蛇丸是反應不過來的，正是因為三代的正直把最後的勝利機會送給了大蛇丸。並且那場打鬥，只要讓大蛇丸不能繼續進攻木葉村，就算是三代獲得了勝利。

不過我更好奇的是，當時村子裡的志村團藏以及自來也都沒去幫助三代。自來也可能是去的晚了，不過作為志村團藏這個木葉高層來說，不該沒有發現。

三代火影與大蛇丸誰輸誰贏，站在不同的角度，會得到不同的答案，不妨閱讀以下分析，找出你的答案。

初代和二代火影親傳弟子，培育出了威震忍界的“三忍”，精通五種查克拉屬性，能使用數千種的忍術，將木葉所有術都研究的很透徹，享有“忍術教授”的稱號。

是木葉在任時間最久的火影，開創了木葉隱村的全盛時期，被看做是歷代火影中最強的。

是三代火影的徒弟，曾經一度被認為是火影繼任者，和自來也綱手並稱為“三忍”。

大蛇丸冒充風影和部下“音忍四人眾”把三代捉到桔梗城樓之上，四人眾結出“四紫炎陣”，將大蛇丸和三代目火影圍起來，結界火焰令木葉暗部無法進入，三代亦難逃出。

很顯然，大蛇丸的此次行動，是預謀已久，經過縝密計劃，與志村團藏裡應外合後的陰謀。殺死風影並且假冒，擄走三代，使用結界封閉空間，穢土轉生初代、二代、四代火影，這些都是計劃之中。

按照大蛇丸做事嚴謹周密的性格，及作為學生對老師的瞭解來看，事先肯定周密衡量過自身與三代的實力，否則不會輕易拿命來拼。

三代69歲，大蛇丸50歲出頭，在體力大不如前。使用屍鬼封盡封印初代和二代火影后，三代體力明顯不夠。

大蛇丸也說三代若再年輕十歲，倒是可以殺死自己。

大蛇丸在對戰前流出眼淚（具體流出眼淚是因為什麼很難說）。

三代是不忍心殺人的人，況且是自己曾經最得意的學生，一度因為想起童年的大蛇丸而流淚。

大蛇丸在父母活著時是一個善良的孩子，只是在父母死後變的奇怪，而三代對其十分器重，連自來也都嫉妒。

三代的大意是，大蛇丸穢土轉生出初代和二代後，三代並不以為然，直到初代使出秘術後，才覺糟糕，事態不妙。

大蛇丸的大意是，三代“忍術教授”的稱號不是白叫的，在三代使出屍鬼封盡時，大蛇丸居然不認識。

三代輸掉了身體，贏得了比自己生命還重要的和平安寧，傳承了火之意志；

大蛇丸輸掉了策劃已久的陰謀，輸掉了雙手。

在三代心裡已有了為村子赴死的覺悟，早在年輕時便是如此。三代是擁有火之意志的人，為村子而死是火之意志傳承下去的最好方式，也必將會有人繼承這份意志，所以最終也是帶著微笑而死。

三代火影輸大蛇丸這件事，其實我是一點也不吃驚的……雖然大蛇丸是三代的徒弟，但是我覺得論實力的話，當時的大蛇丸絕對已經至少是與三代打平的程度，二人的差距已經不大了。的確，在《火影》中，三代火影被稱為教授，號稱精通所有已知的忍術，這一點我並不質疑，畢竟能成為火影就證明了他的實力之強。但是要知道的是，人是會衰老的，三代再強，也是過去的事，這麼多年過去，無論是體力還是查克拉的量都不可同日而語，他拿起金箍棒會覺得重就是證據。

與此同時，大蛇丸卻透過研究和開發各種禁術，不僅真的獲得了長生不死的能力，而且人正值壯年，可以說力量達到了最佳狀態。就算和三代對拼應該也不會太差。

而且在大蛇丸對戰三代時認真看的讀者可以發現，其實大蛇丸並沒有怎麼出手，而是主要靠穢土轉生的初代和二代火影與三代戰鬥，三代再強，面對兩代前任火影覺得吃力也是正常的現象。綜上，忍術教授的三代輸給大蛇丸真的不是實力不行，只能說英雄暮年，令人嘆息。

感謝邀請！我來回答一下吧，三代火影稱為歷代最強火影的設定是《火影忍者》中前期的設定，並不能放到整個劇情中來分析的，當時作者岸本齊史都沒有考慮到後面的設定，導致三代火影的實力有些誇大了，但即便如此，三代火影的實力也是影級的。再來看大蛇丸的實力，木葉村傳說中的三忍之一，大蛇丸也達到了影級實力，而大蛇丸又是三代火影的徒弟，按照兩個人全盛時期的戰鬥力，大蛇丸是不及三代火影的，但三代火影最終還是死在大蛇丸的手裡，那麼三代火影為什麼會輸呢？整體來說，我總結了三個方面。

首先最主要的原因是劇情的需要，大蛇丸是《火影忍者》中第一個BOSS，以三代火影的死為結束點，三代火影死後，木葉村火影的位置就空缺了，之後劇情的走向發展到尋找另外一位傳說中三忍之一的綱手，如果三代火影沒死或者大蛇丸沒受到重傷，自來也不會去邀請綱手當火影，大蛇丸也不會去找綱手治療雙手，如此一來，只要少了其中一種，三忍便無法相見，後續的劇情也無法展開了。

第二個原因是年齡的問題，當年大蛇丸攻擊木葉村的時候，三代火影已經69歲了，即將進入古希之年，三代火影已經老了，身體各方面能力削弱了很多，對比三代火影的巔峰實力，三代火影的戰鬥力下滑嚴重，體力也大不如前。而大蛇丸的年齡只有50多點，這只是表面，由於大蛇丸會不屍轉生，把精神轉移到別人的身體中，藉此得到永生。大蛇丸轉移的人都是非常年輕的，因此，大蛇丸轉移後的年齡很年輕，身體非常有活力，三代火影秒殺不了大蛇丸，那麼大蛇丸只需打持久戰，打敗年邁的三代火影只是時間問題，三代火影必敗。

穢土轉生是第三個原因，大蛇丸曾經說過，如果自己面對巔峰時期的三代火影，有可能直接被秒殺。在大戰的時候，大蛇丸即便面對年邁的三代火影，心裡還是比較畏懼的，從大蛇丸召喚出初代火影千手柱間和二代火影，還有一個被三代火影攔截成功的四代火影就可以看出，大蛇丸沒有自信能夠獲勝，找了穢土轉生的初代火影和二代火影協同作戰，最終才勉強打敗三代火影，如果大蛇丸沒有使用穢土轉生，我覺得當時大蛇丸單挑是打不過三代火影的。