沼氣的產生需要大量的生物質（秸稈，排洩物等），且產生量非常小，可能一個小區的排洩物經水衝釋後產生的沼氣僅能供幾家人使用。而且沼氣難於運輸，因為它液化較難，成本較高！所以在人口眾多的城市用沼氣作為主要能源目前看來是不切實際的！

目前，中國沼氣工程在原料收儲運、集中處理、產品銷售與利用等環節均不支援規模化生產，成為其大型化轉型的重大難題。

以1萬方生物燃氣工程為例，透過倒推其原料需求可知，若以豬糞為原料，需要有100個以上平均規模2000頭存欄的養豬場為其提供原料；若以秸稈為原料，則需要25個村級收集站和2個鄉鎮服務中心。

構建如此龐大且分散的收儲運體系還存在諸多困難，產業化、商業化的運作模式難以建立。

一、沼氣的熱值太低、用途有侷限性

城市燃氣的用途，不只是居民生活使用，還有工礦企業等單位可能需要更高熱值的燃氣使用才能滿足使用要求，而對於城市來說，不可能鋪設多條燃氣管道來適應不同要求的燃氣使用者。

二、沼氣的基礎設施投入在城市應用太大

如需滿足城市人口的沼氣池，你可以估計一下，不是一般的大；需要分散處理，設定多處沼氣池；還必須設定相應的儲氣設施，投資十分巨大。

三、沼氣的服務體系龐大，費用支出太大

以河南省南陽市為例，沼氣建設國債專案從 2003 年開始實施，截至目前，全市戶用沼氣使用量達 50 萬戶，建立沼氣服務網點 1 000 餘處。只能為全市 20 餘萬沼氣使用者服務，有近 30 萬沼氣使用者處於無人服務的狀態，由於網點覆蓋率很低，網點人員裝置配不齊，後續服務能力差， 自負盈虧又難以為繼，嚴重地影響了沼氣的正常使用。

沼氣使用管理維護技術和知識， 大力宣傳沼液、沼渣等綜合利用技術，及時配送沼氣使用者急需的零配件，應急處置沼氣突發安全事故等重任。

當前，堅持“以國家投入引導、多元參與、運作方式多樣”和“服務專業化、運作市場化、管理物業化”的總體原則，來推行農村沼氣的應用，就遇到了各種各樣的難題：

1、保障困難多 沼氣數量的增加，勢必給沼氣後續管理帶來諸多問題，沼氣池使用的好壞，直接決定著沼氣池的使用壽命，沼氣池的正常使用與綜合利用應超過建池本身。服務有保障，沼氣才能用得好。

2、管理難度大 重建 輕管的現象依然存在， 農戶在操作使用中遇到的實際問題難以得到及時有效地解決等問題， 給沼氣事業發展帶來了一定程度的負面影響

3、基礎知識薄弱 不少農戶自身缺乏維修技術，戶用沼氣面廣量大點散，在一定程度上影響了農戶毀損配件的更新和正常使用。

目前，有些地方和城市嘗試沼氣甲烷化、沼氣提純制天然氣就是想尋求技術上的突破，從而使商業模式能夠建立，只有很多難點突破了，才有可能進入實施階段。