孔廟就是祭祀孔子的廟。最初孔廟僅為私廟，然而隨著“獨尊儒術”的進行，儒家的至尊地位在漢元帝前後逐步確立，孔子作為儒家的創始人，其地位自然也水漲船高。而孔廟作為祭祀孔子的場所，也不再是單純的孔傢俬人廟宇，轉而與政治發生了頗多牽連，成為受官方祭祀的官廟。最為主要的是，不斷有帝王透過孔廟祭祀來作為推行教化的手段，禮制與政治的互動也成為影響孔廟制度發展的一個重要影響因素。

當然，孔廟中不單單祭祀孔子一個人，也會有其他的先賢進行配享和從祀。中國古代的祭祀制度向來如此，比如周人祭天，會以周人的祖先後稷來配享，就是說，以天作為主祭物件，以後稷作為陪祭物件；除了配享，還有從祀者。總的來說，在一場祭祀儀式中，接受祭祀的主體是祭祀物件，其地位最高，其次是配享者，再次是從祀者。

這種祭祀格局同樣也適用於孔廟。孔廟中，能夠配享和從祀的先賢很多，每個時代也不一樣。據《後漢書·明帝紀》載，在孔廟發展成為官廟的漢代，孔廟中的從祀者是孔子的七十二賢弟子，明帝去孔廟祭祀孔子，同時也祭祀了孔子七十二弟子。這裡並沒有分配享和從祀物件。

到了三國時期，則開始以顏淵作為配享物件。孔廟祭祀制度的徹底完備是開始於唐代，宋代基本定型，明清則沿用不廢。雖然期間制度有所反覆，但總的來說，確立了以孔子為主祭，顏淵、曾子、子思、孟子等配享，十哲（十二哲）和先賢先儒從祀的孔廟祭祀制度。在這個祭祀體系中，地位最高的當然是孔子，其次是四個配享者，再次是從祀的十哲（先是十哲，後清代擴充為十二哲），再次是從祀的先賢、最後是從祀的先儒。其間等級差異井然有序。

從祀的十二哲包括：閔子、冉子雍、端木子、仲子、卜子、有子、冉子耕、宰子、冉子求、言子、顓孫子、朱子（朱熹）。除了朱熹以外，其餘的都是孔子的弟子。至於從祀的先賢和先儒，數量太大，這裡就不一一列舉了。

最早提及孔廟的史料是司馬遷的《史記》，他在《史記孔子世家》中記道：“故所居堂弟子內，後世因廟藏孔子衣冠琴車書，至於漢二百餘年不絕。”即孔廟因孔子舊宅而設。孔廟具體立於何時，由何人所立卻並不清楚。

孔廟中的享祭者初時只有孔子，後來以顏子配享，又增二十二經師，又增七十弟子，又增歷朝儒學，逐步形成一個以孔子為中心，以四配、十哲、先賢、先儒為羽翼的等級森嚴的祭祀體系。

“四配”形成按照配享時間排列，依次是顏子、孟子、曾子、子思。顏子（即顏回）自漢代起就配祀孔廟，宋元豐七年（1084）以孟子配享，宋鹹淳三年（1267）以曾子（曾參）、子思（孔伋）配享。現今四配設位，沿襲明代，東西兩兩相對，即顏子東一、曾子西一、子思東二、孟子西二。

“十二哲”最初僅“十哲”，而十哲又是脫胎於“孔門四科之子”，其人員產生以《論語》為依據。《論語先進》載：“子曰：從我於陳、蔡者，皆不及門也’”，“德行：顏淵，閔子騫，冉伯牛，仲弓。言語：宰我，子貢。政事：冉有，季路。文學：子游，子夏”。但十哲中顏淵升為四配，遂補入曾參，後又補入子思，遂為十一哲，鹹淳三年，曾參、子思升為四配，又補入子張，仍為十哲，康熙五十一年增朱熹，乾隆三年升有若升入，共十二位，十二哲最終形成，即閔子騫、冉伯牛、仲弓、宰我、子貢、冉有、季路、子游、子夏、子張、朱熹、有若。

先賢先儒本無特定標準，明嘉靖中孔廟改制，遂有兩廡先賢、先儒稱謂，先賢主要指孔子及門弟子，先儒主要指後世入祀諸儒。先賢先儒在歷朝都有很大的變化，部分從祀人員或罷祀或改祀，亦有重新加入，故歷朝名單都有所不同，如清嘉慶時期有七十七位先賢、四十六位先儒，而至光緒二十五年有七十七位先賢，七十一位先儒。

孔廟國子監

大成殿是是整座孔廟的中心建築，是孔廟內最神聖的殿堂。殿中供奉孔子“大成至聖文宣王”木牌位，神位兩邊設有配享的“四配十二哲”牌位。“四配”形成按照配享時間排列，依次是顏子、孟子、曾子、子思。十二哲即閔子騫、冉伯牛、仲弓、宰我、子貢、冉有、季路、子游、子夏、子張、朱熹、有若。神位前置祭案，上設尊、爵、卣、籩、豆等祭器均為清乾隆時的御製真品。大殿內外高懸清康熙至宣統９位皇帝的御匾，均是皇帝親書的對孔子的四字讚語，是珍貴的文物。

大成殿

崇聖祠位於孔廟的第三進院落，這裡當屬北京孔廟中最具特色的院落。它是由崇聖門、崇聖祠和東西配殿組成的獨立完整的院落，與前二進院落分割明顯又過渡自然，充分反映了古人在建築佈局上的巧妙構思。崇聖殿又稱五代祠，殿內供奉的是孔子五代先人的牌位及配享的顏回、孔汲、曾參、孟軻四位先哲之父的牌位。東西配殿坐落在磚石臺基上，面闊三間，進深五檁，單簷懸山頂，內奉程頤、程顥兄弟、張載、蔡沈、周敦頤、朱熹6位先儒之父。