先說我的結論，三所學校都是極其牛×的存在，如果硬要搞個次序，那麼在我心中的排名依次是協和、北醫、清華。

北京協和醫學院可以說是我們國家的最高醫學殿堂，是國家衛計委唯一直屬重點醫科大學，與中國醫學科學院院校一體。2006年9月起和清華大學聯合辦學，但是管理體制、隸屬關係、人員編制、經費撥款等仍保持獨立（所以清華大學自己又搞了個醫學院）。協和是最早開設八年制臨床醫學專業的院校，在這方面的經驗最為豐富。協和的學生前兩年半在清華學習，享受國內頂尖綜合性大學的資源。同時協和自身也是最為重視臨床教學的醫學院，老師們都把教學作為自己最為重要的職責，隨時隨地給學生們講課，因而協和的學生們的基礎知識和實踐經驗都非常紮實。硬要說有什麼不足，可能學生們的科研能力相比於北大清華會稍弱一些。

北大醫學部的前身是原北京醫科大學，也是老牌醫科院校。北醫的八年制臨床醫學，實際上更多是5+3，最後3年更多地在投入在專科上，因而學生的臨床能力高於協和和清華。北醫的老師教學嚴謹、學生學習刻苦，學術氛圍很濃，當然臨床八年制的淘汰率是很嚇人的。北醫的附屬醫院也是非常牛的，如果要學口腔醫學那麼北醫就是最好的選擇。

清華醫學院的弱點就是附屬醫院較弱，長庚醫院算是最好的了，但仍然無法滿足清華醫學生的學習需求。臨場實踐對於醫學生的培養是極為重要的，醫學生最重要的學習過程就是在病房中。然而我們還是要用發展的眼光看待，像清華的法學，十幾年前連碩士點都沒有，但最近公佈的學科建設評估獲得了A，和北大、西南政法等註明法學院站在了一起。清華也清楚自身的不足，昌平長庚醫院分院、垂楊柳醫院、一附院二期等工程陸續開工。清華的校風校訓、人才建設、財政投入、學生素質等，註定了清華醫學院的未來不會平庸。

結論：

北京大學醫學部，傳承清晰，有跡可循。其相關學科實力，也配得上Top2院校的名頭。

而清華大學與北京協和，各自都有波折的發展歷程，至今有相當多學科，仍在共同招生，如果一定要剝離兩校，那麼清華醫學院的各方面，都是與前兩者有差距的。

以下，是針對三校歷史沿革、各一級學科學科評估結果、國家重點學科評估，進行的綜合詳述。

院校·溯源：

北京大學醫學部：

北京大學醫學部，原名北京醫科大學，2000年合併入北京大學成為其醫學部。

其前身為國立北京醫學專門學校，創建於1912年。

1923年，更名為北京醫科大學。

1927年，北京的九所國立高校合併為京師大學校，北醫也在其中。

1937年，北京各高校西遷，北醫大部分撤到西安，與其他高校組成西北聯合大學。其餘部分仍留在北京。

1945年，北京大學、浙江大學、山東大學、武漢大學四所高校設立醫學院，留在北京的北醫成為北京大學醫學院。同時，遷往西安的部分並未撤回，留在西安建立了西安醫科大學（現西安交通大學醫學部）。

1952年，院系調整時期，醫學院獨立，成為北京醫學院。

1954年，評為全國重點大學。

1958年，合併中央醫院。

1960年，北京醫學院組建北京第二醫學院（現首都醫科大學）。

1985年，更名為北京醫科大學。

2000年，併入北京大學，成為北京大學醫學部。

北京協和醫學院：

1906年，英國倫敦會與其他五個教會合作開辦協和醫學堂。

1915年，洛克菲勒基金會收購協和醫學堂。

1917年，在洛克菲勒基金會捐資下，建立北京協和醫學院。

1919年，開辦醫學本科，學制八年。1920年，開辦護士學校。

1929年，更名為私立北平協和醫學院。

1942年，停辦；1947年，覆校。

1949年，更名北京協和醫學院。

1950年，停止招生。

1951年，更名中國協和醫科大學。

1957年，併入中國醫學科學院。

十年期間，學校再度停辦。

1979年，覆校。定名中國首都醫科大學。

1985年，更名為中國協和醫科大學。

2007年，更名為北京協和醫學院。同時使用“北京協和醫學院—清華大學醫學部”作為第二名稱。

協和目前部分專業仍與清華大學共同招生，比如協和的八年制臨床專業納入清華招生，而協和自己在高招名錄中，一般招生專業多為護理學。

清華大學醫學院：

院系調整期間，北京大學被拆分為僅餘下文理兩個學院，而清華，也是類似的命運，拆分後的清華，僅餘工學院。

故，現在的清華大學醫學院，與清華成立初期的醫學院，沒有絲毫關係，反倒是同北京協和醫學院關係密切。

2001年，清華大學醫學院成立。

2002年，與協和簽署共建“清華大學北京協和醫學院”的協議。（一度有傳言稱，兩校將合併）

2003年，併入酒仙橋醫院、玉泉醫院。

2004年，成立清華大學生命科學與醫學研究院。

2005年，以301醫院為臨床教學醫院。

2006年，根據2002年的協議確認，清華大學醫學院八年制臨床專業的學生，可同時獲得北京協和醫學院和清華大學的學位證書。

2012年，成立基礎醫學系、藥學系。

透過上文，可以看到，雖然三校的醫學院都經歷波折，但相對來說，北京大學醫學部的脈絡是最為清晰的。

而清華在有協和助力的臨床專業上，也開始在醫學類學科上佔有一席之地，但比之傳承明確的北京大學醫學部，還是有不小差距。

而協和醫學院，作為唯一的國家級醫學科學學術中心和綜合性醫學科學研究機構，永遠是醫學人心中難以撼動的No.1。

醫學·學科：

根據教育部學位中心釋出的《學科、專業目錄》，醫學學科門類下，共有9個一級學科，分別為：

基礎醫學、臨床醫學、口腔醫學、公共衛生與預防醫學、中醫學、中西醫結合、藥學、中藥學、護理學。

各一級學科下含二級學科，如圖：

（需要特別指出的是，目前，臨床醫學下的二級學科護理學，已獨立為一級學科）

學科·評估：

針對各一級學科，教育部在2017年12月28日，釋出了第四輪學科評估高校評估結果，接下來，我們就結合該評估結果，看看三校在各醫學類一級學科的表現：

北京大學醫學部：（7個學科）

基礎醫學（A+，與北京協和並列全國第一）、臨床醫學（A-）、口腔醫學（A+，與四川大學、四軍醫大並列全國第一）、公共衛生與預防醫學（A-）、中西醫結合（B）、藥學（A）、護理學（B+）北京協和醫學院：（7個學科）基礎醫學（A+，與北京大學並列全國第一）、臨床醫學（A）、公共衛生與預防醫學（B）、中西醫結合（C+）、藥學（A+，與中國藥科大學並列全國第一）、中藥學（B-）、護理學（A-）

清華大學醫學院：無上榜學科

國家重點學科：

一級學科有評估，相關二級學科，同樣也有，看看三校在各自領域的表現：

基礎醫學：

臨床醫學：

口腔醫學：

公共衛生與預防醫學：

藥學：

在上文中，可以看到，清華與協和是一起出現的，故而，剝離協和，單獨來看清華的醫學學科水準，也是不盡科學的。

以上，即是題主關心的三校相關情況。

但願我的回答能幫到你。

北大醫學部與協和醫學院都是中國醫科大學的頂尖院校，清華醫學院建院較晚，但是藉助清華大學這一中國世界一流大學的平臺，近年發展迅猛，但是與上面兩所比起來，差距還是十分明顯。說一說各自的優勢。

北京協和醫學院

原衛生部唯一直屬重點醫科大學，被譽為醫學殿堂。可以說是中國醫學的最高學府。2006年9月加掛清華大學醫學部牌子，但是並未實際合併。成為985高校。

協和無論是附屬醫院水平、重點學科、頂尖人才均是醫學院校的一流水準，北京協和醫院也是代表中國醫學最高水平的醫院。無論是在國內還是國際，均有崇高的聲譽。

北大醫學部

原北京醫科大學，是中國依靠自己力量創辦的第一所西式醫科大學。是中國最重要的醫學院校之一。其醫學科研實力、附屬醫院水平、頂尖人才都是國內一流。

清華醫學院

與2001年成立，依託清華大學生命科學學院。整體實力是三所裡面最弱的。畢竟醫學是一門實踐科學，頂尖人才可以挖到，但是醫學的經驗確是慢慢積累的。

三所院校今後的發展

隨著人民生活水平的提高，對健康的重視，北京協和醫學院、北京大學醫學部將繼續保持強勁的發展勢頭，成為醫學的頂尖王者。清華大學醫學院藉助於清華的平臺，未來將會成為醫學院校的新軍。

本人曾就讀於協和，經歷了協和從中國協和醫科大學更名為北京協和醫學院的，雖然棄醫從法，當了多年律師，但可以說，對協和還是有發言權的。

協和的基礎學科跟北醫應該說差不多水平。說真的，現在這個社會，真正做學問的人越來越少，科研水平普遍不高是客觀情況，即便是協和也是如此。

從臨床學科來看，協和歷來強在內科和婦產，而大外科則是相當一般，可以說，跟北醫、華西、中山、復旦等相比，不僅沒有優勢反而很多學科都已落後，這是客觀事實。

至於清華，優勢是錢多，曾經協和還有個名字就是清華大學醫學部，本人的學位證也是既有協和的章，又有清華的章。但最終清華也沒有真正合並了協和。事實證明，醫學不像其他學科，錢多就可以短時間內成為一流醫學院，醫學需要時間的積澱。清華醫學院不僅跟協和、北醫沒法比，在北京連首醫都比不了。