你這個說法可能有一定的誤區，我查了一下北大官網的資料，除了醫學部之外，沒有看到關於醫學的專業，而且北醫自己也沒有說是曾經合併過北大本部醫學系，可能在北大其他理工專業，尤其是生命科學、化學等會跟醫學相關，但並沒有醫學的專門名稱。所以我猜你這裡談的主要還是北大本部和北大醫學部的關係。

北大醫學部是在跨校合併浪潮中被北大合併的，就像山東大學合併齊魯醫學院，復旦大學合併上海醫學院，中山大學合併中山醫學院，中南大學合併湘雅醫學院，四川大學合併華西醫學院，華中科技大學合併同濟醫學院一樣，醫學因為其在資金投入、論文產出和附屬醫院上的廣泛收益得到大家的青睞。當下，南開大學、華人民大學等也在尋求與醫學院的合作，清華成立了自己的醫學院，北大在“雙一流”建設方案中提出，要把臨床醫學＋X、區域與國別研究作為重中之重。

Ok，閒話不扯，北大醫學部與北大的關係和山東大學威海校區與山大本部的性質還不一樣，雖然後者都隸屬於前者，且具有一定的獨立性，但醫學部只是一個專業，威海校區包括很多專業，有些專業甚至與山大本部重合。北大醫學部和北大的關係類似於其他幾所醫學院和本部的關係，在北大內部，它是六大學部之一，但也是唯一實體的學部，其獨立性目前也在慢慢的泯滅。北醫的錄取分數線要比北大低一些，跟國防生類似，雖然有個別的北大學生會歧視，但整體上行業認可度還是很高的。

這個問題我比較有發言權~

北大本部如今已沒有醫學系！

2000年4月3日，北京醫科大學與北京大學正式合併，組建新的北京大學。

2000年5月4日，北京醫科大學（包含原來的北京大學醫學系）正式更名為北京大學醫學部。

北京大學本部地址：海淀區頤和園路5號。

北京大學醫學部地址：海淀區學院路38號。

北大醫學部依靠北大這個平臺取得了跨越式發展。

教育部四輪學科評估，基礎醫學、口腔醫學2個A+；藥學 A；臨床醫學、公共衛生與預防醫學：A-。

合計5個A類2個B類學科，位列全國第一！

我還是覺得你是否問北大本部與北大醫學部的關糸與區別。現在的北京大學是由原北京大學與原北京醫科大學合併而成，而北京醫科大學並後則稱為北大醫學部，也就是說，北大醫學部是北大的有機組成部分。北大醫學部有獨立的招生程式碼，收分一般會比校本部略低，但學生畢業文憑與校本部學生無異。

以北醫學生身份作答：1949年之前的北京大學醫學院，解放後院系調整，醫學院獨立出來，成為北京醫學院，後更名北京醫科大學，再後來，又與北京大學合併，就是今天的北京大學醫學部。

所以，不存在北大本部醫學系（可能是49年之前歷史上曾用名，記憶待考），院系調整之前歷史上有曾經的北大醫學院，現為北京大學醫學部。