首先，南北朝並沒有三省六部制。而是用的三國曹魏便開始的九品中正制。不過這也僅僅是得漢人正統的南朝才實行的。北朝就很複雜，且一直在變化。我想題主應該要表達的是世族政治的興衰吧。確實整個三國魏晉南北朝都與世族政治密不可分。

那我們就來講講世族政治與這個時代千絲萬縷的聯絡。世族政治在東漢已出現端倪，比如東漢末年不可一世的軍閥袁紹他家裡“四世三公”，身世顯赫。他能在早期能得到群起響應，與他的身世還是很有關係。而到了曹魏代漢的時候，魏文帝曹丕便以制度方式鞏固世族政治的地位即九品中正制。曹丕確立此等制度一是對支援他的世族的回報，二也是順應了時代大勢。當時世族地位正在迅速崛起，統治者也需要他們的力量，一拍即合，世族政治便擺上了檯面上。

而世族政治達到頂峰的時候，卻是晉室南遷變成東晉的時候。在那個時期，歷經八王之亂、永嘉之亂的晉朝皇室面對滿目瘡痍的江山以及備受戰亂之苦的人民 ，早已是威嚴掃地。可是晉朝氣數卻未就此終結。可能祖宗恩澤未盡，在初到江南之時人心思變的時候有王導擺平，在蠻夷苻堅大舉入侵時有謝安撐著。就這樣，晉朝保住了半壁江山，而世家大族也真正成了政治的主導者。

可是哪有事物是長久不衰呢。到了後來，世族不斷輔佐權臣改朝換代，為自己家族牟取利益。以為“王與馬，共天下”可以一直享受的時候，這時候出現了侯景。世族可能虧心事做多了，想做點好事，招納胡人表天國威儀沒想到卻是引狼入室。侯景一來，嫌甜頭少了，便血洗了建康。這時候，百年寧靜的江南一片生靈塗炭，世家大族也難以倖免，被屠戮殆盡。等到陳霸先平定叛亂，安定南方的時候，已不存在世家大族了。這應該就是世族的衰落了。

我想我說完南朝，再來說北朝。因為北朝和南朝得世族是兩碼事。北朝是異族政權，即便經過數次漢化，也與南朝的世族大相徑庭。一是南朝世族，是得以漢人王朝的血脈相承，是主要研究物件。二是北朝的世族多以軍閥勳貴起家，且北朝戰事頻仍，很多所謂的世族威風不過一兩代，便慘遭滅族。所以北朝的世族根基就不穩，更是在北魏搬出“停年格”論資排輩來當官的時候，更是吹起北魏滅亡的號角。北朝雖然皇帝大多也大權旁落，但多是權臣掌控，沒有形成南朝的家族性。不過呢，正是因為北朝的世族根基不穩，才會使有北朝血統的隋朝建立時能確立一個新的政治制度，三省六部制。這也不用忤逆很多人的利益。

南北朝的初期依舊是是世族統治，他並沒有延續秦朝統一六國後實行的三省制度。社會的階層依舊由世族站在最頂層，在世族的庇護下有很多人不需要給國家納稅，他們有獨立的生產能力和作戰能力，從而大大影響了中央集權以及國家的財政稅收。在南朝時期社會相對和平，經濟發展相對穩定，雖然皇帝依舊需要主流世族的擁護才能坐穩帝王之位。但是皇帝也在悄悄地扶持貧民弟子進入朝廷來平衡是朝中的政治勢力。

最重要的是南朝萌發的科舉制度，引起了固化已久的社會階級流動。曾經一度強大的世族也因為長期的安逸而逐漸衰退，這位三省制度的確立提供了良好的政治環境。北朝時期孝文帝帶領拓跋族主動漢化，雙方之間相互借鑑，逐步形成了開放包容的文化氛圍。其中南朝宋之後設有門下省為標誌確定了三省制度。門下省主要是由寒門弟子組成，負責對皇帝獻言獻策，參與大事的決策，成為擁有大權掌握的機構。南朝在地方上的行政區劃沿襲東晉的州郡縣三級制度，加強了中央對地方的管控。

州設刺史，郡設太守，只有丹陽郡因為是首都所在地而設尹。縣設令、長。自宋以後，令多於長。與郡同級的有王國和公國，設內史和相。還有特為習稱蠻民及僚族、俚族等少數民族設定左郡、左縣和僚郡、俚郡。例如有南陳左郡、東宕渠僚郡等。州郡縣有等級之分，大致上以距離首都遠近為品級高低之分，諸州佐吏則按州的等級設定官員。揚、荊二州還有“二陝”之稱呼。 北魏在北魏孝文帝以後，官制模仿南朝，至唐代仍沿用。北周時按周禮，設定六官，即天官、地官、春官、夏官、秋官、冬官六府，是隋唐之後六部體制的源頭。