題主在問“它們到底有什麼區別”了，想必是發現了它們有共同點了。我想應該要先了解題主發現的共同點，才比較好告訴你到底有什麼區別～

我猜，題主是發現它們都可以做“助動詞”才有這個問題。

Être 和avoir 都可以做複合時態裡面的助動詞，不同的是être 做助動詞只能是幾個特殊的動詞，比如來去、生死等。而其它動詞用做複合時態時用avoir。

Je suis allé à Pékin hier.我昨天去了北京。

Il a chanté.他唱了歌。

aller也可以做助動詞，但用於最近將來時或者過去最近將來時。

Je vais aller à Pékin.我將去北京。（第一個aller是助動詞）

faire並不算是嚴格意義上的助動詞，而是個萬能動詞，有個結構是faire faire...第一個faire是真正的faire，第二個其實是指代動詞。

Je lui fait chanter.我讓他唱歌。