人類怎麼起源與日本孤島沒有什麼關係；關於日本島的人類由來據傳說是來自中國的移民，起源於秦朝。據說秦始皇為尋找人類長生不老的藥物，在河北滄州鹽山縣千童鎮，選取五百童男、五百童女前往蓬萊仙島（今日本）尋找靈芝（長生不老藥物），前往後未歸，後來繁衍出日本後裔；至今為止，日本人的稱呼還延用這太郎那太郎，據說與當時的五百同男、五百童女有關。至於文字、語言是由於長期與華人無來往，其文字巳簡化，語言語音已發生口音變異的結果。

日本現在是個孤島，不等於一直是個孤島。事實上結束於1.2萬年前的末次冰河期時代，整個北海被冰覆蓋，日本和中國、北韓、庫頁島之間，就有人類透過冰面達到日本，演化成日本新石器時代的繩文人。日本最早的人類痕跡大約可追溯到3萬年前，但化石僅有在沖繩島發現的1.8萬年前的港川人。港川人可能是繩文人的祖先，和中國柳江人也有一定的淵源。繩文人最早的祖先可能來自東南亞的島嶼，他們沿亞洲大陸架一路北上，到達北海道後發展成阿伊努人和西南沖繩島的琉球人，其間與其他人群有過一定程度的混血，比如亞洲大陸已經滅絕的丹尼索瓦人（也有可能是繩文人的祖先到達東南亞之前和丹尼索瓦人有過混血），開創了日本的繩文時代。

大約2300年前的日本彌生時代，來自北韓與中國的新蒙古人種從亞洲大陸登陸日本，與日本原住民共同混雜生活。這部分人可能來自山東，或是江南吳越地區的水稻農民，以及西漢時期亡國的江蘇人，甚至可追溯到江蘇的三星村，因為他們的人骨形態與日本彌生人最為接近。彌生人由於基因優勢超過了原住民繩文人，隨著擴張、征服和雜交，基因融合逐漸演變為現代日本人。

所以雖然日本是個孤島，但沒有什麼能夠阻擋人類擴張的腳步，不久的將來，我們的足跡甚至將會踏上火星。希望未來在宇宙中的某個角落，不會再有人問這樣一個問題：火星是宇宙中的孤島，人類在那兒是如何起源的？