這是同一條時間線，之前電影有交代，X教授其實是雙胞胎，由於X教授還是胚胎時超強得腦磁波導致了他雙胞胎兄弟在母親肚子裡就腦死亡，生下來就是植物人，只有x 教授健康成長，但他兄弟始終未被拋棄，一直躺在某個醫院維持生命，在x 要被琴分解得那一刻，他將意識轉入了植物人兄弟得體內，從而獲得重生！

X戰警系列幾個故事的劇情是可以串起來來的，《金剛狼3》的時間設定在《X戰警3》之後。而《X戰警3》末尾有如下彩蛋：

X教授藉助孿生兄弟的身體活過來了。至於這個孿生兄弟是怎麼來的，猜測可能是由於X教授的大腦太強大了，所以導致了另外一個雙胞胎兄弟的精神受損，使得他生下來就是個植物人。而X教授精神力那麼強大，肯定是在身體被粉碎的最後關頭，精神轉移到孿生兄弟的身體進行奪舍。劇中還有一個場景是X教授在教授學生之時，討論這種情況的倫理道德，然而並沒有給出答案。

《金剛狼3》中有提到X教授的竟然得了老年痴呆症，需要藥物治療才能維持正常生活，我估計有可能就是因為奪舍了兄弟的身體，而精神上的自己卻不怎麼贊同這件事，過不去自己的坎，對於這麼一個精神強大的變種人來說，對自己產生懷疑是很可怕的，久而久之，在自己分裂的精神的互相搏鬥之下，殺害了大多數的X戰警，再加上人類的藥物抑制變種基因的原因，也就有了《金剛狼3》中沒有多少變種人的事實。