從內地直飛香港，或者從香港直飛內地，無論出入境口岸是在哪一個城市，機場都設有海關。海關是一國或地區（比如中國香港澳門臺灣）在沿海、邊境或內地口岸設立的執行進出口監督管理的國家行政機構。是一個負責徵收及保護關稅，控制包括動物、財物和危險品出入境物流的國家機關。在大多數國家和地區，海關都獲得了政府的授權和國際法的許可。

因此可見，海關的作用在於監管。出入境時，允許或者禁止攜帶出入境的物品，即由海關監管。從內地出境時，會經過海關。但這一道關口原則上監管不嚴格，因為還有安檢這一道關口可以經X光檢查旅客攜帶的物品，若發現違禁物品可及時阻攔並移交海關處理。

從境外（包括港澳臺地區）返回內地時，機場或碼頭的海關監管力度會加大。海關會對逃避監管、商業瞞騙偷逃關稅行為（比如說代購，比如說超限額攜帶物品）進行查緝，尤其對走私禁止和限制進出境的貨物、物品------特別是毒品，每一個國家或地區海關都會加大查緝力度。

綜上所述，從香港直飛內地，海關檢查不管在內地機場還是香港機場都會有。