第三季故事主線講述的是逃到巴拿馬的林肯和邁克，最終將被投入監獄中。透過前兩季，每個角色已經彼此獨立地發展故事了，但在第三季中他們將再次走到一起。第三季會引入許多新的人物，其中有兩個女性。
就在邁克爾成功得將他被誣陷為殺人犯的哥哥林肯解救出FOCUS河監獄後，邁克爾、林肯和其他幾位越獄犯成為全國搜捕的目標，逐漸剩下的犯人們被引到了巴拿馬。雖然隨著真相逐漸明朗，林肯已經已經被美國法院宣佈無罪，但是這對兄弟的自由和快樂時光非常短暫，因為很快邁克爾就被“公司”設計而被送往Sona監獄，這個有政府背景的“公司”也正是栽贓誣陷林肯入獄的“公司”。邁克爾很快意識到他之所以被送到這個監獄，是為了讓他策劃另一起看起來無比艱險、幾乎無法完成的越獄，這次他要幫助越獄的人叫韋斯勒 ，他是一個非常神秘而且生活在下水道的囚犯。邁克爾被誤抓到巴拿馬的一個恐怖監獄Sona，這裡沒有法規，沒有獄警，同時也沒有逃脫的機會。
Sona監獄，跟任何美國監獄都不同，該監獄曾經的一次犯人大暴動讓獄警和相關部門都避而遠之，獄警此後只是在監獄數十米之外圍欄警戒。監獄內則讓犯人自生自滅，而現在真正在內部管理監獄的是犯人老大路賽羅。
自從到了Sona監獄後，邁克爾要做的就是避免讓犯人老大路賽羅起疑心或者冒犯他，同時他還要時刻提防跟他一起入獄的三位犯人，以免越獄計劃更可能破產：馬洪 ，叛變的FBI探員，也曾參與“公司”事務。巴里克 ，前FOCUS河監獄獄警，為了賞金追捕逃犯，不想自己也鋃鐺入獄。THEODORE “T-BAG” 巴格韋爾獨臂變態殺人犯。
而林肯則需要在獄外協助這起越獄，因為只有越獄成功才能解救他的兒子LJ 和邁克爾的摯愛女友薩拉。在巴拿馬，林肯和FOCUS河監獄的另一位逃犯蘇克雷匯合，同時也遇到了兩個美麗女人：蘇珊 ， 一位“公司”的冷酷無情的女人。索菲亞，韋斯勒的無辜女友，她也沒料到危險在逼近。
時間非常有限，而邁克爾和林肯必須儘快找到和愛人們團聚，摧毀“公司”，以及執行這起難度最大的越獄計劃。
第三季故事主線講述的是逃到巴拿馬的林肯和邁克，最終將被投入監獄中。透過前兩季，每個角色已經彼此獨立地發展故事了，但在第三季中他們將再次走到一起。第三季會引入許多新的人物，其中有兩個女性。
就在邁克爾成功得將他被誣陷為殺人犯的哥哥林肯解救出FOCUS河監獄後，邁克爾、林肯和其他幾位越獄犯成為全國搜捕的目標，逐漸剩下的犯人們被引到了巴拿馬。雖然隨著真相逐漸明朗，林肯已經已經被美國法院宣佈無罪，但是這對兄弟的自由和快樂時光非常短暫，因為很快邁克爾就被“公司”設計而被送往Sona監獄，這個有政府背景的“公司”也正是栽贓誣陷林肯入獄的“公司”。邁克爾很快意識到他之所以被送到這個監獄，是為了讓他策劃另一起看起來無比艱險、幾乎無法完成的越獄，這次他要幫助越獄的人叫韋斯勒 ，他是一個非常神秘而且生活在下水道的囚犯。邁克爾被誤抓到巴拿馬的一個恐怖監獄Sona，這裡沒有法規，沒有獄警，同時也沒有逃脫的機會。
Sona監獄，跟任何美國監獄都不同，該監獄曾經的一次犯人大暴動讓獄警和相關部門都避而遠之，獄警此後只是在監獄數十米之外圍欄警戒。監獄內則讓犯人自生自滅，而現在真正在內部管理監獄的是犯人老大路賽羅。
自從到了Sona監獄後，邁克爾要做的就是避免讓犯人老大路賽羅起疑心或者冒犯他，同時他還要時刻提防跟他一起入獄的三位犯人，以免越獄計劃更可能破產：馬洪 ，叛變的FBI探員，也曾參與“公司”事務。巴里克 ，前FOCUS河監獄獄警，為了賞金追捕逃犯，不想自己也鋃鐺入獄。THEODORE “T-BAG” 巴格韋爾獨臂變態殺人犯。
而林肯則需要在獄外協助這起越獄，因為只有越獄成功才能解救他的兒子LJ 和邁克爾的摯愛女友薩拉。在巴拿馬，林肯和FOCUS河監獄的另一位逃犯蘇克雷匯合，同時也遇到了兩個美麗女人：蘇珊 ， 一位“公司”的冷酷無情的女人。索菲亞，韋斯勒的無辜女友，她也沒料到危險在逼近。
時間非常有限，而邁克爾和林肯必須儘快找到和愛人們團聚，摧毀“公司”，以及執行這起難度最大的越獄計劃。