元朝建立之後，烏斯藏與朵甘等地成為了元帝國的一部分，元朝在西藏建立統治，這也是西藏從此成為中國領土不可分割的一部分的開始。

元朝在西藏設立宣政院（總制院）轄地，而宣政院掌管當時全國的宗教事務與西藏的軍政民政，地位非常高，宣政院使一般都是由丞相兼任。明朝推翻蒙古人統治之後，繼承了在西藏地區的統治，然而，明朝時代的西藏，實際上處於半獨立狀態。

明朝後期，也逐漸失去了對西藏的控制。直到清朝，因為藏教在蒙古的興盛，蒙藏之間的聯絡也越來越密切，藏教在外蒙古的活佛哲布尊丹巴，在內蒙古的章嘉活佛，都是藏教的領袖人物。

對於邊疆地區的強化統治，清朝的確要更加出色，清朝聯合蒙古入主中原後，卸磨殺驢，在漠北施行減丁與分化，推行盟旗制度。

而在西藏，一方面將藏教定為國教，又冊封達賴喇嘛與班禪，將活佛轉世靈童決定權收歸中央，又派遣駐藏大臣管理西藏。

蒙元時期，藏區與蒙元王朝的關係決非尋常可比。西藏在元明時期稱為“烏斯藏”。宋元時期，“吐蕃”(stod-bod)與“烏斯藏”(dbus-gtsang)二稱同時使用，有時還寫作“烏思藏”。

蒙元與藏區的關係：統一戰線的結果。

成吉思汗雖然沒有讀過《孫子兵法》但他卻是一個最懂統一戰線的英雄。為減少用兵帶來的損失，成吉思汗及其孫忽必烈等籠絡西藏地區宗教上層勢力，兵不血刃地達到了目的。

首先，元朝統治者表示尊崇藏族的喇嘛教，這意味著雙方可以不兵戎相見。公元1247年，窩闊臺兒子闊端（窩闊臺的接班人）與來自西藏的藏傳佛教代表薩迦派首領薩迦班智達在甘肅涼州舉行“涼州會盟”，雙方商議了一封致西藏各地僧俗地方勢力的公開信，勸他們歸順蒙古汗國。西藏地方勢力在權衡利弊後，表示願意歸順元朝。

此後，元朝對西藏擁有了行政管轄，將西藏地方完全納入中央政權的行政管理體制中。另一方面，軍事上，西藏的軍事同樣受制於中央。同時還設有轉運使一名，專門負責向內地的驛站、道路交通運轉。元朝的刑律、曆法在藏族地區同樣適用，對地方官員的升遷與獎罰，元朝中央政府具有直接處置的權力。總之，元朝對於西藏地方具有完全的統治權與主權。

到忽必烈時，藏傳佛教成為國教。藏傳佛教的大活佛成為國師。蒙元最高統治者基本信仰藏傳佛教，漸漸藏傳佛教成為更多蒙古人的信仰。蒙元政權成為藏傳佛教的保護傘；藏傳佛教從信仰方面鞏固著蒙元政權。這使得烏思藏從上到下與蒙元貴族融為一體，直到元朝被趕出中原地區，彼此成為對方不可或缺的組成。

明末時期蒙藏關係：

明朝對西藏人控制漸弱，到明末已經接近失控。

清朝時期藏蒙關係

清初，滿洲征服了蒙古。蒙古與藏區有歷史上的特殊關係，清王朝也尊藏傳佛教為國教。此時，藏傳佛教的蒙古地區已經成為主要宗教，併為大多數蒙古人接受。

烏斯藏與蒙古的關係就你中有我，我中有你。藏傳佛教負責解決信仰問題，蒙古人負責提供藏區的經濟負擔。曾在漠北的活佛哲布尊丹巴，在漠南的章嘉活佛，都是藏教的領袖人物。

清政府出於利益考慮，加強對邊疆地區的統治，清朝主中原後，對蒙古人卸磨殺驢，在漠北施行隱形減丁政策，同時推行盟旗制度，把以遊牧為生的蒙古人限制的固定區域。

解決西藏問題的方法：將藏傳佛教定為國教，又冊封達賴喇嘛與班禪，同時將活佛轉世靈童決定權收歸中央，又派遣駐藏大臣管理西藏。

有以上各種政策，烏斯藏今天才還就天朝人領土。