基本差不多。

單論職位的話，尚書比總督高半級到一級。

清朝大多數時候，尚書都是一品，總督是二品。

當然那時候還有很多兼任或者加銜的，這個就另說了，只論單純的尚書和總督這兩個官職。

至於說實權嘛，應該說實權都很大，對比性沒有那麼明顯和直接。

總督主管一方的軍政大權，尚書主管一國某一部分的全權事務。

都屬於國家高官大員。

只是在品階上，尚書更高一點。

論實權，總督大。論品級，可能尚書大。封建王朝的總督總管一個省或者幾個省的軍政大權，還有人事任免權。尚書呢？他只管他那個部門的，而且他那個部門不一定從上到下都聽他的，財政和人事權不在他手。但是，尚書是天天上朝的，離皇帝近。所以，論品級尚書大。論實權，總督大。

總督屬於封疆大吏，六部尚書屬於京官，雙方各管一攤，彼此之間沒有誰服從誰的道理。

但是，清代的軍機處大臣往往都由六部尚書中的人來兼任。軍機大臣在級別上並不比總督高，但是軍機大臣整天圍著皇帝的屁股轉，經常給皇帝出主意，所以在實權上就要高於總督了。特別是一些受到皇帝寵信的軍機大臣，那可就是總督沒法比的了。

另外，清代還有內閣。儘管內閣沒有什麼實權，但是內閣的地位高。特別是內閣大學士，都是正一品的級別，被尊稱為“中堂”。如果擔任著尚書職務的內閣大學士進入了軍機處，那麼他的地位可就比總督高多了。像道光年間的穆彰阿，他身為文華殿大學士，同時又當了將近二十年的首席軍機大臣，朝野上下無不尊稱他為“穆相”。與此同時，穆彰阿還兼任著一個工部尚書的職務。這樣的尚書可是任何一個總督都比不了的。

還有像比穆彰阿更早更有名的和珅，他也是文華殿大學士兼首席軍機大臣，同時還兼任戶部尚書。朝野內外也都尊稱他為“和相”的。

不過，大學士有時也會當總督的。像李鴻章，他是直隸總督兼北洋大臣，同時又是文華殿大學士。這樣的話，李鴻章就可以和首席軍機大臣平起平坐了。除了皇太后和皇帝，已經沒有人能夠再壓過他了。