印巴衝突的禍根從根本上來說是由英國殖民主義者種下的。歷史上，印巴同為英屬印度，是英國最大的殖民地。二次大戰後，隨著世界許多國家民族解放運動的蓬勃發展和印度人民反帝反殖鬥爭的日益高漲，英國政府不得不同意向印度人移交政權。但是，為了達到在撤走後仍能控制印度的目的，英國極力在由其一手造成的印度教和伊斯蘭教兩大教派政黨對立的基礎上，繼續推行“分而治之”的政策，極力在印度各民族、各教派、各黨派之間製造矛盾，擴大分裂。1947年6月3日，印度總督蒙巴頓提出了充分體現這一政策的印度獨立方案――“蒙巴頓方案”。“蒙巴頓方案”將印度一分為三，即印度教徒的 印度、伊斯蘭教徒的巴基斯坦和王公土邦。規定各王公土邦有權按自願原則選擇加入上述兩個國家，或保持同英國的舊有關係。這樣一來，印度兩大教派政黨，即國大黨和穆斯林聯盟圍繞國家統一還是分治，以及爭奪各王公土邦，展開了激烈鬥爭，兩大教派間發生了大規模仇殺事件。1947年8月印度和巴基斯坦正式分治後，分治矛盾以及民族、宗教、領土等各種矛盾愈益加深。1947年10月和1965年8月，印巴圍繞克什米爾邦的歸屬問題發生了兩次克什米爾戰爭。這些都為兩國爆發更大的戰爭埋下了火種。在印巴之間存在矛盾的同時，巴基斯坦內部，主要是東巴與西巴之間也存在著不穩定因素。巴基斯坦獨立後，中央政權以及經濟、軍事大權基本上都控制在西巴地主、資產階級手中，東巴人幾乎處於無權地位。隨著東巴經濟的發展，東巴資產階級對此種狀況日益不滿。1966年，東巴新興資產階級的代表人物穆吉布・拉赫曼提出6點自治綱領。及至1971年年初，東巴進一步掀起了大規模“不合作運動”，打出了“孟加拉國”的旗號。同年3月26日，巴基斯坦總統葉海亞宣佈取締在東巴佔領導地位的政黨人民同盟，逮捕人民同盟主席穆吉布・拉赫曼和其他領導人。為此，東巴發生兵變。巴基斯坦國家軍隊隨即出動，至5月底基本平息了動亂。