看了你的感覺，談談我的感覺：
1、你想多了；
2、做好自己的事情；
3、得罪不是偶然了，那麼是不是個人有需要改進的地方，正好遇到這麼好的修煉場所，練練手，成了高手，再看要不要走，行嗎？
根據題主的描述，可以試著得出幾個資訊：
1、公司規模不算小。
（1）大領導，就說明還有小領導，管理架構三層以上，兩個大領導，說明同一層結構上還有不同的分支。
（2）在這個規模上的公司，管理架構匹配的制度體系正在不斷完備的過程中，至少會有表面的績效體系和風險防範意識，當然包括勞動法律風險的防範。
（3）大領導的基本功之一就是學會利用程式和人設，與一個小兵計較，會破壞人設，也會影響聲譽。
2、題主有點做“賊”心虛
得罪是真的，而且不輕，但擠兌更多是自己的做賊心虛：
（1）大領導沒時間和精力去針對你，尤其兩個來，自己有點心虛，風聲鶴唳，任何人和事都會歸結到得罪的事情上，這是心理學效應；
（2）下面的人見風使舵，知道你得罪的事情，然後自作主張的為領匯出頭，給你氣受，尤其大點的公司，願意充當耳目和爪牙的很多，防不勝防；
（3）如果大領導真要給你穿小鞋，你很難避開，一個眼神就能讓很多路障在你的必經之地上拔地而起，那豈能是讓你一走了之那麼簡單，擠兌卻走不了，才是最好的收拾。
3、想要好過點-化解的需求明顯
（1）公司的品牌、待遇等應該還過得去，甚至不錯，沒有走的想法而是想留。這一點與公司的規模有關係，也和你呆下去的慾望相匹配；
（2）題主或者能力不濟，或者缺乏自信，對於出去找一家同樣或者更好的公司沒有信心。更多的是一種習慣，如果有可能，誰不願意一直呆在舒適區？
1、主動溝通，做到明處，爭取諒解
（1）得罪已經既成事實了，主動認錯，領導至少表面上也得做做姿態、顯顯大度、擺擺親民，合理設計把這個大度親民的姿態傳播出去，領導會一笑了之或者點到為止。
至於以後有機會會不會再動手，到了以後再說，而且，在以後到來以前，你有充分的時間、機會提升自己，接近領導，瞭解就是一種化解；
（2）主動就是一種姿態，甚至可以表現自己的誠惶誠恐和別人的落井下石，讓領導看看自己的威力，這種成就感會讓他放鬆警惕，金口一鬆，這事就這麼完了；
（3）做到明處，就是在辦公室來做，領導也不會太過，而你用自己大庭廣眾的態度給了領導一個臺階，也給了自己一個機會，這基本已經是諒解的局了。
2、提升自己，做好工作是根本
（1）除了非常高階的職場金領，大部分職場人參加工作的基本目的是獲得養家餬口的報酬，與之對應的就是做好工作，這是對等的契約精神，也是底線。
當然會有人說不對等，付出多回報少之類，我無意得罪，但是確實得說，只要您找得到付出多回報多甚至付出少回報多的工作，我為您高興；
（2）工作能力和努力不光是在這個單位的必須，而且也是職場甚至人生安身立命的基礎，幹不了工作，職場必然拋棄你；
（3）你的工作可以被剝奪（辭退）、你的經歷可以被忽視，只有你的能力和業績是實在的，別人拿不走的，職場憑藉這個可以一次次開始。
3、不打不相識，這是獲得領導認可的機會
（1）相對於其他人來說，你獲得了接近領導，讓他們瞭解你的機會，這個可能是別人想要獲得而無法獲得的，儘管你的開始是負面的；
（2）因為你的失誤（得罪之舉）你進入了領導的視線，可能是不好的印象，但是他們的關注會為你的努力、成績和表現提供更多的曝光機會，這些東西的積累會逐漸改觀領導的印象；
（3）因為得罪的相識，你有了接近領導和主動溝通的理由和機會，就是請教問題、彙報自己的改進和成長、表明自己的決心、表現自己的努力，在獲得這種指導或者是打擊的同時，你與領導的交往會讓很多人獲得一種訊號：他們走的很近。這個就夠了。
4、如果領導非要玩貓抓老鼠，奉陪，這種鍛鍊很難得
（1）當然會有小肚雞腸的領導，幹好工作的同時，可以適當的表現自己的努力，感謝他的“栽培”，你有成績，他也會樂得做伯樂的順水人情的；
（2）如果領導要死磕到底，真的是非常好的機會，過幾招，自己會知道更多的東西，洞悉人性、看到本質、學會周旋，這是重要的人生課，學會了再去其他地方，就是重要的自保經驗甚至是鬥爭工具，加上自己的能力提升和努力，很多情況下會無往不利；
（3）這種周旋，從地位上你是弱者，會獲得民意至少心理的同情與支援，而領導的盡情表現和本色出演也是給廣大群眾一個現場觀摩的機會，至於結果，自在人心吧。
切記：一走了之，你真的輸了。在沒有了解情況的時候，自己就退縮了、逃跑了，以後的日子可能還不到哪裡去。
當然，還有另一種樂觀的可能，你自身能力強悍，那就直接走人，奔往下一個港口，美好在彼岸等你！
看了你的感覺，談談我的感覺：
1、你想多了；
2、做好自己的事情；
3、得罪不是偶然了，那麼是不是個人有需要改進的地方，正好遇到這麼好的修煉場所，練練手，成了高手，再看要不要走，行嗎？
狀況及分析：根據題主的描述，可以試著得出幾個資訊：
1、公司規模不算小。
（1）大領導，就說明還有小領導，管理架構三層以上，兩個大領導，說明同一層結構上還有不同的分支。
（2）在這個規模上的公司，管理架構匹配的制度體系正在不斷完備的過程中，至少會有表面的績效體系和風險防範意識，當然包括勞動法律風險的防範。
（3）大領導的基本功之一就是學會利用程式和人設，與一個小兵計較，會破壞人設，也會影響聲譽。
2、題主有點做“賊”心虛
得罪是真的，而且不輕，但擠兌更多是自己的做賊心虛：
（1）大領導沒時間和精力去針對你，尤其兩個來，自己有點心虛，風聲鶴唳，任何人和事都會歸結到得罪的事情上，這是心理學效應；
（2）下面的人見風使舵，知道你得罪的事情，然後自作主張的為領匯出頭，給你氣受，尤其大點的公司，願意充當耳目和爪牙的很多，防不勝防；
（3）如果大領導真要給你穿小鞋，你很難避開，一個眼神就能讓很多路障在你的必經之地上拔地而起，那豈能是讓你一走了之那麼簡單，擠兌卻走不了，才是最好的收拾。
3、想要好過點-化解的需求明顯
（1）公司的品牌、待遇等應該還過得去，甚至不錯，沒有走的想法而是想留。這一點與公司的規模有關係，也和你呆下去的慾望相匹配；
（2）題主或者能力不濟，或者缺乏自信，對於出去找一家同樣或者更好的公司沒有信心。更多的是一種習慣，如果有可能，誰不願意一直呆在舒適區？
怎麼辦？1、主動溝通，做到明處，爭取諒解
（1）得罪已經既成事實了，主動認錯，領導至少表面上也得做做姿態、顯顯大度、擺擺親民，合理設計把這個大度親民的姿態傳播出去，領導會一笑了之或者點到為止。
至於以後有機會會不會再動手，到了以後再說，而且，在以後到來以前，你有充分的時間、機會提升自己，接近領導，瞭解就是一種化解；
（2）主動就是一種姿態，甚至可以表現自己的誠惶誠恐和別人的落井下石，讓領導看看自己的威力，這種成就感會讓他放鬆警惕，金口一鬆，這事就這麼完了；
（3）做到明處，就是在辦公室來做，領導也不會太過，而你用自己大庭廣眾的態度給了領導一個臺階，也給了自己一個機會，這基本已經是諒解的局了。
2、提升自己，做好工作是根本
（1）除了非常高階的職場金領，大部分職場人參加工作的基本目的是獲得養家餬口的報酬，與之對應的就是做好工作，這是對等的契約精神，也是底線。
當然會有人說不對等，付出多回報少之類，我無意得罪，但是確實得說，只要您找得到付出多回報多甚至付出少回報多的工作，我為您高興；
（2）工作能力和努力不光是在這個單位的必須，而且也是職場甚至人生安身立命的基礎，幹不了工作，職場必然拋棄你；
（3）你的工作可以被剝奪（辭退）、你的經歷可以被忽視，只有你的能力和業績是實在的，別人拿不走的，職場憑藉這個可以一次次開始。
3、不打不相識，這是獲得領導認可的機會
（1）相對於其他人來說，你獲得了接近領導，讓他們瞭解你的機會，這個可能是別人想要獲得而無法獲得的，儘管你的開始是負面的；
（2）因為你的失誤（得罪之舉）你進入了領導的視線，可能是不好的印象，但是他們的關注會為你的努力、成績和表現提供更多的曝光機會，這些東西的積累會逐漸改觀領導的印象；
（3）因為得罪的相識，你有了接近領導和主動溝通的理由和機會，就是請教問題、彙報自己的改進和成長、表明自己的決心、表現自己的努力，在獲得這種指導或者是打擊的同時，你與領導的交往會讓很多人獲得一種訊號：他們走的很近。這個就夠了。
4、如果領導非要玩貓抓老鼠，奉陪，這種鍛鍊很難得
（1）當然會有小肚雞腸的領導，幹好工作的同時，可以適當的表現自己的努力，感謝他的“栽培”，你有成績，他也會樂得做伯樂的順水人情的；
（2）如果領導要死磕到底，真的是非常好的機會，過幾招，自己會知道更多的東西，洞悉人性、看到本質、學會周旋，這是重要的人生課，學會了再去其他地方，就是重要的自保經驗甚至是鬥爭工具，加上自己的能力提升和努力，很多情況下會無往不利；
（3）這種周旋，從地位上你是弱者，會獲得民意至少心理的同情與支援，而領導的盡情表現和本色出演也是給廣大群眾一個現場觀摩的機會，至於結果，自在人心吧。
切記：一走了之，你真的輸了。在沒有了解情況的時候，自己就退縮了、逃跑了，以後的日子可能還不到哪裡去。
當然，還有另一種樂觀的可能，你自身能力強悍，那就直接走人，奔往下一個港口，美好在彼岸等你！