現代綜合進化論相比於達爾文的進化論的一些差異

表型是由環境與個體的基因型相互作用決定的，環境可能會改變表型，但無法改變個體基因型，不存在拉馬克式的獲得性繼承，遺傳變異是由基因突變引起的。親本遺傳給後代的基因決定了一個特定性狀的遺傳。基因可以透過基因突變發生改變，但這個過程是緩慢的，等位基因的突變和重組產生了遺傳變異，環境因素只可能影響基因突變的速度，不會直接產生適應性。

現代綜合進化論是對種群的基因型成進行數學建模分析後總結提出的：進化單位是種群，而不是個體。進化依賴於種群中基因型頻率的變化，而不是個體的表型。基因突變發生的速度太慢，無法將種群從一種基因型突變到另一種基因型。相反，這是透過自然選擇、隨機遺傳漂變進行的。在短時間內，遺傳差異導致多樣化，只有遺傳差異具有生存優勢時才會導致選擇發生。

現代綜合進化論中自然選擇的本質是不同基因型遺傳給下一代的機率不一樣，從而產生基因頻率的變化，自然選擇不會產生基因變化。自然選擇透過偏愛某些基因型、排斥某些基因型、不斷修改和塑造基因庫，從而在人口與環境之間創造了新的適應關係。不需要經過過度繁殖和生存鬥爭。

1937年，Dobzhansky 在《遺傳學和物種起源》概述了物種是如何形成的。突變是自然發生的，有些突變在某些情況下是有害的，但是大部分沒有影響，這些中性突變發生在不同的種群中並持續發生，造成的變化比想象要大得多。這種變化是製造新物種的原材料。在孤立的隔離種群中產生的新突變，會透過自由繁殖和自然選擇傳播。但是由於這些突變不能傳播到其他種群。隔離種群將在基因上變得越來越不同，如果這種隔離持續的時間足夠長，就會造成生殖隔離狀態——一個新的物種就會誕生。

地球元素合成生物分子，生物分子合成微生物這是科研成果。由於地球眾多元素所處的環境不同、合成的次序不同、合成的方式不同所以形成不同的生物分子如各種核酸、蛋白質，眾多生物分子有根據不同的條件合成眾多不同的微生物如各種不同的菌類及噬菌體、病毒等， 所以說“從海洋中偶然的形成第一個細胞”的觀點是錯誤的，各種生物都是在不同的環境中合成的獨立個體他們之間沒有進化。