楊過幫助神鵰和毒蟒和解，毒蟒以三枚朱果相贈，楊過、神鵰和毒蟒分別服食一枚後，全部脫胎換骨。神鵰翅膀長到正常大小，毒蟒傷勢盡復，楊過身上的情花毒消失，功力倍增。

楊過發現神鵰頭頂肉瘤影響了它的行動能力，便動手將其切除，使神鵰終能展翅高飛。同時，楊過還從肉瘤中得到獨孤求敗留下的武功秘笈，練成“獨孤九劍”，一躍而成絕頂高手。

神鵰載著楊過遨遊天空，輕鬆找到李莫愁，救回郭襄。不久後，楊過在蜘蛛洞外擊敗金輪法王等人，與小龍女重逢。此後二人乘著神鵰闖蕩江湖，行俠仗義，被人稱為“神鵰俠侶”。

雕蟒和解

當日，李莫愁在混亂中抱走郭襄，楊過一路跟隨，準備找機會將郭襄救回。入夜後，李莫愁來到襄陽城南數里處的峴山，找了一處山洞過夜。楊過怕小郭襄受委屈，便為李莫愁找來軟草做床，打了野兔充飢，自己則在洞外懸繩而眠。

夜半時分，楊過被一陣雕鳴驚醒。他循聲趕到發聲處，發現月光之下，一隻醜陋的大雕，眨眼間啄死四條五彩斑斕的毒蛇，又被一條碗口粗細、兩丈多長的毒蟒纏住。楊過想收服大雕，與郭芙家的兩隻白雕比一比，於是拔出君子劍砍向毒蟒，卻被大雕揮翅撲飛。他心知這大雕甚為驕傲，不願別人相助，便暫時袖手旁觀。

接著，大雕啄瞎毒蟒一隻眼睛，卻被它緊緊盤於身上，漸漸不支。楊過見狀抱起一塊大石擊打蟒身，迫使它略微鬆開了大雕。大雕趁機以鐵喙猛啄，毒蟒登時皮開肉綻，另一隻眼睛也被啄瞎。楊過見毒蟒如此悲慘，心中頗為不忍，便從地上撿起一根拇指粗的樹枝，先擊向大雕頭部，逼得它不得不閃避，無法再攻擊毒蟒，然後施展“打狗棒法”，樹枝輕輕一挑，已將毒蟒挑出三丈，輕輕落在地上。

楊過站在大雕和毒蟒之間，樹枝指地，也不管它們能不能聽得懂，大喝了一聲“住手”。他這一站威風凜凜，大雕和毒蟒竟然就此停住了身形。楊過微微一笑，說看你們的體形和招數，想必都已開了靈智，殊為不易，有什麼深仇大恨，以至於不死不休？今天就讓楊過做個和事佬，為你們調解一番。大雕似是聽懂了這些話，本來睜得圓圓的眼睛半眯了起來，毒蟒也把頭低下了幾分。

楊過覺得場間的氣氛緩和了許多，便趁熱打鐵，讓毒蟒自行離開，覓地療傷。毒蟒此時雙目已盲，但仍朝著他說話的方向點了點頭，“哧溜哧溜”地走了。大雕見毒蟒離開，便走到楊過身邊，輕輕啄了一下他的衣袖，然後向西走了幾步，見楊過沒有跟過來，又返回楊過身邊。楊過苦笑著說，雕兄啊雕兄，不是楊過跟著你去玩耍，實在是有要事在身，等我辦完事情，再去找你可好？

脫胎換骨

他剛說完，就又聽得一陣“哧溜哧溜”的聲音，風中送來一陣毒蟒的腥氣，還有一種奇異的芳香。接著，毒蟒又出現在楊過身前，口中還銜著一根兩三尺長的樹枝，枝上沒有葉子，只綴了三枚紅豔豔的果子。果子只有嬰兒拳頭大小，剛才那種芳香之氣，就是從這三枚果子上散發出來。

毒蟒遊向點了幾下頭。楊過微微一笑，伸手接過了那根樹枝，心想這果子對毒蟒來說應是十分珍貴，說不定它與大雕劇鬥，就是為了保護這幾個果子。不過，這毒蟒顯然也是知恩圖報之輩，懂得拿自己珍貴之物來報答於他。楊過看了看毒蟒，又轉頭看看大雕，心想正好三枚果子，怕是天意如此。於是他先摘下一枚果子，送到了毒蟒口中，接著又把第二枚果子給了大雕。至於最後一枚，自然是放入了自己口中。

果子甫一入口，尚未咀嚼，已全部化為一股清涼的汁液，進了喉嚨。在這一剎那間，楊過感到全身的肌肉、骨骼和血液，以及五臟六腑，乃至十二正經和奇經八脈，都在不停地歡呼雀躍，飄飄欲仙。這種奇妙的感覺，足足維持了半炷香的時間，才慢慢減弱。楊過福至心靈，明白這果子一定是什麼了不得的天材地寶，當下便盤坐於地，運功吸收。

如此過了一個時辰，楊過將“玉女心經”、“九陰真經”、“蛤蟆功”、“全真內功”等自己會的內功心法，全部運行了三十六週天。他驚喜地發現，每經過一周天，自己體內的真氣便增加一分，待運功完畢，真氣已經增加了兩倍有餘。看到真氣如此充裕，楊過心念一動，便開始衝擊任督二脈，竟然毫無滯澀，一蹴而成，晉入了無數武者夢寐以求的先天境界。至此，楊過不用刻意運功，已可透過吸收天地之間的能量，使真氣不斷增加，永無不繼之虞。

楊過運功完畢，只覺暢意之極，忍不住發出一聲悠遠的長嘯，引得山鳴谷應，久久不絕。此時月已西沉，東方微明，楊過看自己的手臂，已變得晶瑩如玉，和姑姑的膚色一般。不由想起兩人在古墓朝夕相處的時光，心裡感到一陣甜蜜。又想起幼時黃蓉教他讀詩，李商隱一首《無題》中最後兩句說“此情可待成追憶，只是當時已惘然”。暗道自己實在後知後覺，沒有早日明白姑姑的心意。想到此處，驀然發覺情動之際，情花毒竟沒有發作半分，實在奇怪。

當日，楊過服了半枚“絕情丹”，得以暫時壓制住體內的情花之毒。不過他試過，若是情動於衷，全身仍會隱隱作痛，絕不似現在這般毫無反應。思來想去，應是服食那枚果子之故。想到這裡，楊過轉而檢視大雕和毒蟒，只見兩者也發生了巨大的變化。大雕原本羽毛黃黑斑雜，翅膀也很短，如今已變得全身烏黑，翅膀展開已有一丈多寬。而毒蟒此前雙目被大雕啄瞎，身上多處受傷，此刻已全部恢復，而且身上再也沒有了腥臭之氣。

楊過猜得不差，毒蟒銜來的果子，正是傳說中的三百年開花、三百年結果，還要三百年才完全成熟的朱果。尋常人食用一枚朱果，足以祛除百病，延壽百年。若經練武之人運功吸收，至少能增加一甲子的功力，且輕鬆臻至先天之境。

獨孤九劍

此時，大雕和毒蟒都已將朱果吸收完畢。毒蟒向楊過點了點頭，轉身消失在了草叢中。而大雕正在用新長出的巨翅，試著讓自己飛起來。它試了好幾次，都是飛到一丈來高、七八丈遠，便歪歪斜斜地下來。楊過在一旁看了一會兒，發現影響大雕飛行的，應該是它頭頂的那個大肉瘤，便叫了大雕過來，與它指手畫腳的商量了一番。大雕服用了朱果之後，靈智再有長進，聽楊過說完，竟低下頭去，示意楊過將大肉瘤割除。

楊過略作思忖，便用君子劍將大雕的肉瘤割了下來，然後迅速拿出金瘡藥，幫大雕止了血。沒過一會兒，紅日初升，天色大明，大雕又去試飛。楊過卻忽然發現割下的肉瘤之中，似有一塊兩個指頭肚大小的硬物，拿到手中一看，是一個用蠟紙包裹的東西。楊過一連拆開七層蠟紙，終於看清楚裹在最裡面的，是一張薄如蟬翼的細絹。細絹展開後足有兩尺見方，上面畫滿了字跡和人形。右側最靠前的四個字用行楷寫成，正是“獨孤九劍”。

接著是數十個字，說明了“獨孤九劍”的來歷。大意是一位叫做獨孤康的人，一生專致劍道，最終殺盡仇敵，敗盡英雄，欲求一敗而不可得，乃改名為“獨孤求敗”，隱居荒谷，埋劍於冢，只與一隻大雕為伴。臨終前，獨孤求敗將自己一生劍道精華，著成一門“獨孤九劍”，藏於大雕頭頂肉瘤之中，只待有緣之人發現。

楊過看獨孤求敗說“獨孤九劍”可以破去天下一切武功，心中猶自不信，但當他從“總訣式”、“破刀式”等一式式看下去，便不由得不認為這位獨孤前輩並無誇大。特別是他提出的“無招勝有招”、“無劍勝有劍”的武學理念，令楊過深為拜服，忍不住按照其中所述，一一演練。他本來武學天分就高，又剛服食了朱果，脫胎換骨，晉入先天之境，因此練起這“獨孤九劍”來，可說是得心應手，水到渠成。只是短短一個時辰過去，已得了劍法七分精要。

神鵰俠侶

他心中有事，便將練劍之事暫時擱下，準備去尋找李莫愁和郭襄。他想和大雕告別，可環顧四周，不見大雕蹤影。他心中一動，抬眼一望，果然見到頭頂極高之處有一個黑點。顯然是在他練劍的同時，大雕已可翱翔天空。楊過仰天長嘯，大雕聞聲俯衝而下，落在楊過面前，並示意楊過上它背上。楊過不忍拂了大雕美意，便乘在了它的背上，跟著它沖天而去。

大雕飛到數十丈的高空，肆意翱翔，楊過乘在大雕背上，如坐在馬車一般安穩。眼看地面上人群如蟻，往來聚散，心道世人熙熙攘攘，追名逐利，又何如他現在一樣逍遙自在。等救回郭襄之後，自己找到姑姑，一定要與她乘著大雕，看遍大好河山。想到此處，忽然看到下方一處山林中閃過一點黃影，便讓大雕飛了下去，落地一看，果然是李莫愁。

李莫愁看著一隻大雕忽然出現在眼前，登時嚇了一大跳。下一刻，李莫愁感到十幾道凌厲的勁力襲來。她揮舞拂塵，勉強擋住其中三道，卻被剩餘的幾道，點中了九處要穴，全身僵硬不動。這時，大雕身後閃出一個少年，正是楊過。方才他牛刀小試，以“彈指神通”攻向李莫愁，發現這位昨天還讓自己頭痛無比的女魔頭，已變得不堪一擊。楊過微笑著警告李莫愁，若她此後再度為惡，自己必定會廢去她一身武功，把她交給她的仇家。然後，楊過抱起小郭襄，乘著神鵰飛天而去。

楊過將小郭襄送回郭靖府中，便乘雕去尋小龍女。十幾日後，楊過在蜘蛛洞外發現了金輪法王和瀟湘子、尹克西、尼摩星等人，心想自己和郭伯伯差點兒死在他們手中，便縱雕落下，話也不說，上來便是一式“破箭式”，分擊四人。楊過只有一人一劍，但四人都覺得自己才是他的目標，紛紛全力阻擋。結果瀟湘子三人功力不足，都被楊過一劍點中眉心，當場斃命。只有金輪法王金輪一擋，被擊飛至七丈開外，重重撞在山壁之上。金輪法王仰天吐出一大口鮮血，準備站起身來，卻發現自己已筋脈俱斷，真氣潰散，已然成了一個廢人。

這時，蜘蛛洞中跑出一人，白衣飄飄，雙手各持一劍，正是楊過念茲在茲、無時或忘的小龍女。小龍女剛在洞中跟周伯通學了“雙手互搏”之術，準備與金輪法王等人背水一戰，忽然聽到洞外打鬥之聲，出洞一看，四個敵人已全部倒在地上，而那個讓自己魂牽夢縈的少年，正笑盈盈的站在自己面前。

此後，楊過和小龍女攜手闖蕩江湖，行俠仗義。因他們喜歡乘著一隻神俊非常的大雕，所以被人稱為“神鵰俠侶”。

十年後，楊過和小龍女帶著一雙兒女來到峴山無名荒谷。楊過指著一處荒野說，那裡就是自己遇到神鵰和毒蟒大戰之處。他正說著當日情景，忽聽一陣“哧溜”聲響，一條巨蟒從草叢中爬了出來，口中像當日一樣銜著一枝紅豔豔的朱果。

只不過，這一次的朱果，足足有七枚之多……

楊過的設定就是不可能幫蛇，和不可能從蛇那獲得好處，因為郭靖就是在蛇那得到了，楊過在來一次，豈不是已經重複了。

神鵰每天都殺怪蛇，然後蛇膽給楊過吃，如果蛇有朱果，最終救神鵰吃蛇膽效果也差不多，蛇吃朱果，楊過吃蛇膽。而且怪蛇和金輪法王屬於佛教，而金輪法王是蒙古國師，代表入侵，最終楊過要和金輪法王對上，所以結果就不會幫助蛇。