關於這個問題回答如下：

1.年收入12萬元和年收入超過12萬元在個人所得稅申報上沒有任何區別，唯一的區別就是年收入12萬元以下可以免於辦理個人所得稅年度彙算清繳，也就是說年收入12萬元以下的，即使全年打通計算需要補繳稅款，只要你按規定進行了預扣預繳個人所得稅申報，這個補繳稅款由於免於辦理個人所得稅彙算清繳，也無需補繳稅款。不過年收入不到12萬元的自然人如果預扣預繳個人所得稅比較多，個人建議可以透過彙算清繳測算是否存在多繳退稅，如果有退稅，可以透過彙算清繳辦理退稅。

2.年收入12萬元的具體範圍不僅僅指工資薪金，還包括勞務報酬、稿酬、特許權使用費所得。

3.無論個人年收入多少，個人所得稅均採取按月預扣預繳，年度彙算清繳的辦法，就是每月如果有單位支付工資薪金、勞務報酬、稿酬、特許權使用費時會按規定預扣預繳個人所得稅。與工資薪金不同的是勞務報酬和特許權使用費是減除收入20%後記入應稅收入，稿酬是打八折再打七折記入應稅收入。

4.具體計算方法就是綜合所得收入—基本減除費用（每月5000元）—基本減除費用三險一金—專項附加扣除—其他扣除—免稅收入，計算出應納稅所得額，找對應適用稅率及速算扣除數，計算個人所得稅應納稅額。平時預扣預繳按月度預扣預繳稅率表計算，全年按年度綜合所得稅率表計算。