《甜心格格大電影之皇上吉祥》故事背景取自中國古代某朝代皇太子的身邊案例，是以古代宮廷為題材的故事。據說，在遙遠的中國古代，在一個風和日麗的晴好日子裡，有位皇太子代天出巡，體察民間疾苦，途中邂逅了一名美麗女子，雙雙墜入愛河，而後這名女子為這位尊貴的皇太子誕下了一個可愛的女兒。適逢世道亂事多，盜賊橫行，世事多變，在突如其來的一次遭遇裡這名皇太子與這名女子及其女兒失散了。多年後，昔日的皇太子如今已貴為一國之君，由於心念所失愛女多年，於是一直命人暗中查訪找尋，終於經過百般尋找，愛女失而復得。無奈，這位與皇帝失散許久的格格——甜絲絲，由於流落民間多年，市井之氣沾染甚重，而且生性懶散，同宮廷內各位格格及王公大臣們的富家小姐，實在不能相比及，皇上為此頭疼不已。

為了讓絲絲格格早日褪去市井之氣，脫胎換骨，成為一個高貴有氣質的格格，皇上將其送進尚書房學習。於是一個個性活波，天生好似就有一副使不完勁的格格在尚書房中調皮搗蛋的故事由此開始。一個跑得快跳得高，愛玩的不得了的民間格格，不僅惹得皇上頭疼，就連大臣王坤也視她為破壞大王。由於自己的缺心少眼，誤打誤撞，總是無意中破壞大臣王坤的奸計，令其頭疼萬分，又無可奈何。還有一個高傲，自尊心強，喜歡耍小聰明，喜歡聽到別人對自己的讚語，在意別人對自己的評價的禁軍教頭風將軍之女心柔柔。本片故事將以都愛出餿主意的兩小鬼靈精怪的獨特個性為主線索展開，講述她們在遭遇一個又一個困難時是如何保持自我，仍然保有樂觀向上的心態，積極主動面對難題，然後想盡辦法努力將難題一個一個迎刃而解的樂觀生活的態度。而這位別樣的格格的到來也為這皇宮帶來了新的衝擊，雖然她的好動，頑皮時常惹得皇上和列位大臣頭疼犯難，但也沒少為這原本枯燥單一的皇宮生活添上些許的活力和生機。