從已經部委頒發的《三定方案》，和獲批的省級《黨政機構改革方案》來看，國家、省醫療保障局都是政府直屬機構，都是將人社部門下屬的社保局的城鎮職工和城鎮居民基本醫療保險、生育保險職責，衛生部門的新型農村合作醫療職能，發改委下屬或掛牌的物價局的藥品和醫療服務價格管理職責民政部門的醫療救助職責等進行整合，組建成立醫療保障局。

醫療保障局的主要職責，是完善統一城鄉居民基本醫療保險制度和大病保險制度，不斷提高醫療保障水平，確保醫保資金合理使用、安全可控，推進醫療、醫保、醫藥“三醫聯動”改革，完善和落實醫保政策，不斷推進異地就醫管理和費用結算，管理和監督醫療服務、醫療費用、藥品價格等收費標準，最佳化保障醫療服務。

縣級醫療保障局，是以社保部門的醫保、衛生部門的新農合職能為主，組建成立縣醫療保障局（部分縣區叫“醫療健康保障局”），為政府直屬事業單位，歸口人社局或者衛生局管理。新一輪黨政機構改革和事業單位分類改革要求，縣級成立醫療保障局，為政府直屬機構。目前，市縣機構改革方案還沒有審批，事業單位不允許存在行政職能，不允許再設立行政類事業單位，也不允許出現“事業局”。

縣區根據經濟社會發展規模、人口數等，對黨政部門設定都有數額限制，不能像省級一樣，與部委基本保持一一對應。而縣區的行政編制又有極大數量限制，新成立的黨政直屬機構，即使沒有數額限制，可以成立行政機構，也沒有那麼多的行政編制可以調劑使用。

因此，縣區的醫療保障局，基本不可能設定為行政機構，按規定也不能設定事業單位，即使設定為行政部門的掛牌機構，現有領導幹部和一般工作人員也無法因為承擔行政職能而使用行政編制。最現實的辦法，依然是縣區一級成立政府直屬事業機構，使用事業編制。