單純從股指期貨交易本身上來講，有兩個缺陷：

（1）標準化

股指期貨交易的物件不是股票價格指數，股指期貨合約是交易所統一制定的一種標準化合約。期貨合約經過交易所的標準化處理，這意味著您必須按上述的標準化規則進行交易。那麼當您正在為現有投資組合做對沖操作時，該合約規格不一定能完全符合與您的需要，這種缺點就更為明顯。

（2）保證金比率

關於股指期貨保證金制度，如果交易所收取的保證金比例是12%，一般情況下，期貨公司要在交易所保證金比例基礎上增加幾個百分點。雖然持倉成本大大縮小，但15%的保證金比例使槓桿放大6.67倍，這就意味著收益與風險成倍放大，由此投資者需要加強風險控制。

如果從中國股指期貨交易對A股股票市場的影響這個角度來講，最大的缺陷就是股指期貨的交易規則與A股市場的交易規則不對等。

管理層一直怕股指期貨危及小散，所以一開始就設計高門檻防止小散介入，須不知這反而被機構和大戶利用資金優勢在股指期貨裡做空保值，導致了市場的畸形結果，而小散卻只能被動承受指數下跌，在股災時甚至成為助跌的一大推手。

股指期貨原本是用來對沖股市的工具而被設計出來的，但是在國內股市的幾次牛市中，股指期貨都成了做空股指的幫兇或者是主謀，很多熱錢炒家，將大量資金投入股指期貨中，與此相應的買入指數成分股，伺機做空，2015年的千古跌停，造成股指大幅度下跌，在股指期貨市場中做空的炒家，都謀取了幾十倍甚至百倍的收益。股指期貨的缺陷就是與股市指數的不對等，應該將遊戲規則細化，炒股指期貨，就不能買股票，否則大戶買入股票後在高位沽空，瘋狂砸盤，雖然看著虧了，其實大戶早已在股指期貨布局，做空股指，股市賠的那點錢與做空股指的收益相比，將至九牛一毛。