黃萎病它是一種病菌，在土壤中存活數年，在植棉過程中對棉花危害較大，病菌主要以種子，土壤，隨水傳播造成棉花死亡，影響棉花產量品質。

黃萎病防治難度較大，藥物防治效果較差，農業防治措施主要以種子消毒，輪作倒茬，土地休閒，改變灌溉方法，引進轉基因抗病品種等。

種棉花容易得黃萎病的地塊，最好不要種西瓜。西瓜本身也是黃萎病致病真菌大麗花輪枝菌的寄主作物，這種病菌是中國1935年從美國引進棉花種子時被傳入的。因為同樣易感的原因，一般種植棉花如果容易得黃萎病，改做種植西瓜等瓜類作物會同樣容易得黃萎病。最好還是與水稻或水生蔬菜輪作1年，亦或與旱作的十字花科或百合科蔬菜作物輪作5年以上，再考慮種植西瓜或棉花。假如，非要在這類地塊種植西瓜的話，可以透過透過嫁接育苗、土壤消毒、加強肥水管理和日常藥劑預防等措施，加以規避。

西瓜育苗嫁接時，砧木最好是選擇高抗西瓜枯萎病的新土佐南瓜、臺灣勇士和日本相生西瓜砧木品種。嫁接的方式可以採用頂插接、腹插接、舌靠接、劈接、貼接等任何西瓜嫁接育苗技術，嫁接後注意按照要求，做好保溫、保溼、避光、除萌、防病蟲和其他管理，待嫁接苗長到定植要求時再行定植。

對定植地的土壤，在定植前要先行消毒。具體做法是：①清除前茬作物殘株和根茬，施好優質有機肥，同時每畝使用原農業部正式登記過的恩益碧（NEB）根施微肥水劑4——5袋，加水噴霧到有機肥上，隨即翻耕入土，整地後灌水。如果土壤墒情很好，也可以不灌或少灌。②按每平方米施入98%棉隆微粒劑25——30克，邊施藥，邊噴水，邊覆膜，覆膜使用0.8毫米以上的厚膜，防止破損，導致藥劑氣化後外逸。③覆膜後在地溫25℃以上時，密閉10天，在12℃——20℃時，密閉12——15天，10℃——5℃，密閉25——30天。到期揭膜放氣7——10天，即可完成消毒，開始西瓜定植。定植前可以畝用50%多菌靈可溼性粉劑2公斤與50公斤細乾土拌勻，撒入定植穴再次消毒。

定植成活緩苗後到結瓜前，注意檢查並剷除零星病株，同時使用50%多菌靈可溼性粉劑500倍液，或12.5%增效多菌靈濃可溶劑500倍液，或70%噁黴靈可溼性粉劑2000倍液，或50%咯菌腈可溼性粉劑5000倍液等灌根預防。