自然哲學指多少含有形而上學觀點的對自然的解釋，是現代自然科學的前身，主要是思考人面對的自然界的哲學問題。包括自然界和人的關係、人造自然和原生自然的關係、自然界的最基本規律等。這當中不少理論，都奠下了今時今日物理學的基石。不少近代的名人，如英國科學家牛頓、德國哲學家黑格爾都曾為自然哲學編寫過著作。自然哲學在思考人面對自然界的哲學問題時，需要研究自然界的問題，在研究自然界問題時發現一些自然現象與自然哲學的解釋不一樣，比如自然哲學解釋重物從高處比輕物快，但在試驗時發現重物和輕物是同時落地的，這樣就出現一個學術上的問題，自然哲學是以邏輯自洽來判定解釋是否正確的，重物比輕物下落速度快的邏輯解釋是自洽的，以自然哲學的判定標準是正確的，但與實際試驗結果不同，而自然哲學無法使用邏輯自洽的解釋來解釋輕重物同時落地的試驗結果，這就埋下了邏輯自洽和實驗試驗那個是正確的問題，在這個問題上很自然就分為兩派了，科學就是認為實驗試驗正確的這一派，開始因為問題小，科學派是絕對少數派，沒有因這個問題引起學術大爭論，後來在天文學上科學派搞出了日心說衝擊了地心說，因這個學說衝擊了教會教義的地心說，事情引起了大震動，教會因這件事情開始迫害科學派，當時大多數科學派在教會的壓力下退讓了，但科學派偏偏出了一個不怕死認死理的伽利略不買教會的賬，事情鬧的最後科學派與自然哲學分離出來，獨自創立了近代科學。