萬曆皇帝年輕時，張居正給予了十分嚴厲的正道教育，凡是皇帝不應該做的事情和行為，都受到張居正的各種限制，讓萬曆皇帝常常處於想為而不敢為的狀態，由此產生了強烈的逆反心理。但是苦於受到支援張居正的母后的壓力，自己不敢施展手腳，導致內心十分苦悶。

張居正因病去世後，新上任的首輔任用了一幫萬曆皇帝喜歡的官員到重要崗位，逐漸清除了張居正的黨羽。這位首輔看穿了萬曆皇帝的心思，多次進饞，攻擊張居正的政策，逐漸讓萬曆皇帝大權在握又隨性而為，再加之萬曆皇帝的母后也不再過問政事，給了萬曆皇帝清算張居正的良機，最終導致了張居正被清算。

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張居正居功至偉，掌握力超強，功高震主，又要求小皇帝勤勉，不能做學習無關事，比如書法之類，令萬曆皇帝壓力倍增，明尊暗恨，以至等張死後恨屋及法。廢除張制定的一條鞭等法律，報復張的家人，以致於明朝復興一半被廢重入衰退！

張居正改革的實質，就是把政府官員、豪強地主的“乳酪”，搶過來充實國庫、賑濟災民，引起“受害者”怨恨憤怒是必然的。張居正在位時權傾朝野，官員財主敢怒不敢言，等到他一命嗚呼之後，被壓迫著們便聯合起來攛掇萬曆皇帝反攻倒算。也就是說，張居正被清算雖然有各種說辭，但觸動了既得利益階層的利益是根本原因！