根據《種子法》和《農作物種子生產經營許可管理辦法》（農業部令2011年第3號）的規定，種子經營許可證實行分級審批發放制度。具體包括三類：主要農作物雜交種子及其親本種子、常規種原種種子經營許可證，由種子經營者所在地縣級人民政府農業行政主管部門稽核，省級人民政府農業行政主管部門核發；從事種子進出口業務的公司的種子經營許可證和實行選育、生產、經營相結合，註冊資本達到1億元以上的公司的種子經營許可證，由種子經營省級人民政府農業行政主管部門稽核，農業部核發；其他農物種子經營許可證，由種子經營者所在地縣級以上地方人民政府農業行政主管部門核發。申請種子經營許可，應當根據《辦法》第十七條規定提交相關材料。稽核機關自受理申請之日起20個工作日內完成稽核工作，對經營場所、加工倉儲設施、檢驗設施裝置進行實地考察並查驗有關證明材料原件，具備規定條件的，簽署稽核意見，上報核發機關；稽核不予透過的，書面通知申請人並說明理由。核發機關自收到申請材料和稽核意見之日起20個工作日內完成核發工作，認為有必要的，可以進行實地考察；符合條件的，發給種子經營許可證並予公告；不符合條件的，書面通知申請人並說明理由。種子經營許可證有效期為5年。在有效期內變更許可證標註專案的，應當按照原申請程式辦理變更手續，並提供相應證明材料。經營許可證其滿後繼續從事種子經營的，種子經營者應當在期滿6個月前重新申請。需要強調的是，依據《行政許可法》，申請辦理種許可證，不需繳納任何費用。