少數民族政權入主中原都會面臨一個很嚴峻的問題，就是如何治理這個國家。而元朝雖然借鑑了漢族政體，但是還是會更多偏袒蒙古族和色目人，此舉必導致漢族人的離心。而且蒙古本來能取勝的原因是由於其強大的軍事戰鬥力。但是隨著其統治日漸安穩，其戰鬥力也就可想而知了。

之前，我已經詳細闡述過，元朝的迅速覆滅，有三大主要原因，那就是：第一，政治黑暗，第二，民族歧視，和第三，政治壓迫政策。

插一句，提問者似乎說錯了，元朝的疆域不是2000平方千米，可能是少打了一個萬字。不過，元朝也並沒有2000萬平方千米那麼大，提問者是把四大金帳汗國加起來算進來了。其實，元廷僅僅在初期名義上是四大金帳汗國的宗主，根本沒有力量去管轄它們，後來更是脫離了關係。所以，元朝的疆域大概是1200萬平方千米，稍遜於滿清顛覆時期的1300萬平方千米。不過，這也是很大的一塊地方了。

元朝覆滅，除了上述的三大原因以外，還有一個，元朝沒有接受漢人的儒家文化。要知道，蒙古人人口不過100多萬，即使加上色目人，也不超過500萬人。以區區幾百萬人，想要治理人口達到五六千萬人口的中華，卻不尊重儒家文化，就得不到民間廣泛的支援。儒家文化傳承千年，在中華大地早已經根深蒂固，蒙古上層貴族卻排斥它，所以被動搖了統治根基。