抗寄生蟲藥不僅僅只對寄生蟲產生作用，同樣會作用於人體而產生不良反應。

例如中國獲得諾貝爾生理學或醫學獎的藥學家屠呦呦所研究的青蒿素，就是一類抗瘧原蟲的藥物。在殺死瘧原蟲的同時，也會導致腹瀉、腹痛、四肢麻木、輕度皮疹等不良反應。而其他的氯喹、哌喹、伯氨喹、奎寧等抗瘧藥物，會有典型的“金雞納”反應。表現為頭暈、頭痛、耳鳴、眩暈、失眠、精神錯亂、面部和唇周神經麻木。大量可致角膜及視網膜變性，導致失明；可致不可逆的耳鳴，甚至耳聾。

又如我們平時使用最多的阿苯達唑（史克腸蟲清），在驅蟲的同時也會導致噁心、嘔吐、腹瀉、口乾、乏力、發熱、皮疹或頭痛等不良反應，偶見口吐蛔蟲的現象。

除此之外，還有哌嗪類驅蟲藥、咪唑類驅蟲藥、嘧啶類驅蟲藥等等，都有各自的不良反應。但一般來說，都是在用藥劑量較大時才出現明顯的不良反應，而且停藥後大多會恢復。我們平時服用劑量並不大，但不是對人體不產生作用，只是不良反應較輕，察覺不到而已。

抗寄生蟲藥對人體也有各自的作用，就像抗生素一樣，但是對於感染寄生蟲而言，藥物具有更致其命的作用。都是臨床醫生經過利弊分析後才會給患者使用的。