防疫站與疾控中心，都是中國不同時期的衛生防疫機構。

防疫站，也叫衛生防疫站，是新中國成立後，中國參照學習蘇聯模式，建立的食品安全和衛生防疫機構，於1953年1月政務院批准在全國範圍設立衛生防疫站，在衛生防疫站模式下，中國消滅了天花，肝吸蟲、血吸蟲等傳染病或地方病得到了有效的控制，取得了空前的成效。

疾控中心，是疾病預防控制中心的簡稱，英文簡稱CDC，這個是學習了美國的疾控模式，也算是與國際接軌，從2002年開始，各級衛生防疫站進行拆分，變成兩個單位，分別是疾病預防控制中心和衛生監督所，疾病預防控制中心主要負責疾病預防控制，以技術指導及服務為主；衛生監督所則以衛生監督執法為主，實現了疾控和衛生監督的分離，從某種程度杜絕了既當運動員又當裁判員的局面。

防疫站時期，防疫站發現某餐館衛生不合格，可以直接罰款，而有了疾控中心後，就是疾控中心發現餐館衛生不合格，不能直接處罰了，要轉給衛生監督所去跟進處罰。

可以說，防疫站是前世，疾控中心是今生。防疫站到疾控中心的轉變，也就是中國疾控體系轉變的一個真實體現。