首先，應該提出登記申請。提交的順序逐級而上，一般是向縣級以上地方人民政府林業主管部門提出登記申請，提交申請材料，材料一般包括：林權登記申請表；個人身份證明、法人或者其他組織的資格證明、法定代表人或者負責人的身份證明、法定代理人或者委託代理人的身份證明和載明委託事項和委託許可權的委託書；申請登記的森林、林木和林地權屬證明檔案，以及省、自治區、直轄市人民政府林業主管部門規定要求提交的其它有關檔案。地方各級人民政府將會對予以林權登記並核發林權證的請示進行審查、核准，防止出現重複林權登記或林地與耕地、草地、使用水面等登記發證重疊情況，經審查、核准無誤的，准予登記並及時核發林權證。 一般這是過程所要花費的時間較長，要有耐心，同時，要多問問這個手續辦到哪個程度了，有問題及時解決。

你的承包耕地已經種上了樹，並且依法頒發了《林權證》給你，也就是說此時你的耕地已經是林地的性質，並且已經給該地及地上樹木辦理了“身份證”了。

這種情況是不參與此次農村土地確權的。

注意，一般來講耕地的性質是不能隨意改變其農業用途的，目前耕地能轉為林地的多是“退耕還林”政策在牽線搭橋。

既然講到了這一點，那麼就繼續分析下目前中國退耕還林的土地的確權問題。

一般來講有3種情況：

第一種：就是你的這種情況：已退耕還林，並取得林權證。這個是不再確權頒發“農村土地承包經營權證”的。

第二種：已退耕還林並領取相關補貼，但無林權證。

從各地現行的處理措施來看，一般是採取農戶自願性原則，是進行當下的土地承包經營權確權，還是等待《林權證》的下發。如果選擇農村土地承包經營權確權，那麼需要先去登出林權證辦理並且依據當時簽訂的退耕還林協議來進行相應賠償（有的地方需要繳納一定的違約費，有的地方不需要，看當地政策）

第三種：已進行退耕還林，沒有領補貼也沒有林權證。

其實隨著農村承包地確權的全面展開，不少地區也開始了林地確權工作，比如甘肅省慶陽市鎮原縣今年就開始嘗試“果樹經濟林確權頒證”，這是較以往來說沒有的，將果樹經濟林的所有權和使用權落實到種植戶，也就是說這將賦予果樹經濟林林權流轉、林權抵押貸款、擔保交易和合作入股等多項權能，對於農戶來說是拓寬了增收的路子的。

目前中國林權制度也在改革中，林地三權分置也是必然的結果，接下來應該會在各地陸續鋪開。

耕地承包後種植樹木，申請確權辦理林權證不是單純核發林權證的問題，而是需要承包人強烈要求，當地村組及鄉鎮同意，經國土部門與林業部門之間相互溝通協調達成一致意見，在登出耕地的前提下再初始登記核發林權證，否則任何單方面的登記都是無效的。下面就上述問題做一個詳盡的分析。

中國雖然地大物博，但是個資源匱乏的國家，不僅耕地面積少，林業面積也不多，在確保耕地不減少和大力拓展林業發展空間的政策下，國土與林業兩個部門不斷擴大自己的“地盤”，國土向山上發展，林業向耕地擴充，以至於國土的“三調”耕地面積與林業的森林資源清查林地面積相互交織重疊，一時難以很準確地界定，這是很多地方都普遍存在的問題。

畢竟耕地是解決民眾溫飽問題的基本保障，因此一直以來，除極少數生態區位重要、坡度較大、水土流失嚴重、沙化石化嚴重的耕地經國土部門同意退耕還林外，其它耕地是不允許種植樹木改變耕地性質的。即使承包者迫於某些無奈種植了樹木，但在國土部門“一張圖”資料庫依然是耕地，任何單位單方面界定為林地國土部門都是不認可的。所以耕地變更登記為林地是需要國土部門稽核同意，在登出耕地性質的前提下才可以。

林地的確權登記主要依據是1981年“林業三定”核發的自留山證和林地承包責任書，屬於核換髮新證，對於承包耕地種植樹木的林分，林業部門不會也不敢簡單的單方面核發林權證的，必須以國土部門變更登出耕地性質的文書材料為依據，經承包人申請才可以受理進行初始登記，否則屬於一種亂作為、濫用權力的行為，影響較大性質惡劣的還會依法追究相應當事人法律責任的，所以，也不會有哪個敢冒天下之大不韙，在未經國土部門登出耕地的前提下，單方面輕易的給申請人確權發證。

那麼對於農民承包耕地種植樹木擬申請登記林權證該如何辦理呢？首先要有充足的理由，如實施國家重點工程退耕還林，退耕還林專案一般都是林業部門與國土部門相互溝通認可的，完全可以按法定程式由國土登出耕地，林業登記林地的；其次就是承包的耕地生態區位重要、水土流失嚴重、沙化石化嚴重，的確不適宜作為耕地耕種。這個需要承包人申請，當地村組及政府同意，國土部門稽核認可登出耕地，林業部門才能變更登記為林地，否則就是一地兩證，釀成重複發證的違規案件了，在現實中一定要注意規避。

綜上所述，農民承包耕地種植樹木，擬申請辦理林權證，必須經過國土部門稽核認定，在登出耕地性質以後，林業部門才能受理，變更登記為林地，核發林權證，否則，即使核發了林權證，也是不具備法律效力的，甚至相關當事人還會受到相應處理。

農民的承包地按照承包時的合同有約定，承包的土地是用來種植糧食作物的，尤其是基本農田更是不能私自用來種植樹木的。

農民的承包地有時按照國家或集體的經濟發展，建設需要可以進行適當的改變種植方式。比如土地兩傍修建了高鐵、高速公路，需要進行通道綠化，承包土地坡度大於25度以上的土地不適宜種植，要進行退耕還林。還有一種情況是承包者為了發展經濟需要，提高自己的收入，在不是基本農田的土地上進行種植樹木也是可以的。沒有什麼不妥。

承包土地種植了樹木，而且經過林業部門給予頒發林權證，這就說明承包的土地改變了性質，不再是種植糧食作物了。因為土地頒發林權證，有了合法的身份，這次土地確權就不再給進行確權了。不可能一塊土地兩種身份。

栽樹的土地辦理了林權證同樣具有法律效力，退耕還林的，通道綠化的，還有補貼款。但是不能享受糧食直補。自己種的樹辦理了林權證，同樣也不能享受糧食直補。

總之承包土地種植了樹木，辦理了林權證，要從承包土地確權中剔除出來，這次就不再參與土地確權工作了。

栽樹有多種情況:一.花木果樹屬經濟作物，比種糧賺錢。二.山地丘陵沒有水源只能栽樹。三.原有的水利設施嚴重損壞無法灌溉，又沒資金維修只能栽樹。第三種情況多為耕地良田，在許多地區佔了土地非糧化的很大比例。如果去樹種糧首先必須興修水利，然而對農民已種的花草果樹按價補償。

農民承包的耕地栽樹後辦了林權證怎麼確權的問題：根據《國發明電[2004]1號文》有關“凡在基本農田上進行植樹造林（包括種植速生豐產林），挖塘養魚...必須立即停止和糾正”的精神，按照當地政府部門因地制宜的決策確權當否，請有關人士賜教！！！