大學與企業是異質的兩類社會組織，其各自的本質屬性、履行的社會職能、機制設計與執行模式、組織結構等方面迥異，融合難度極大；在實踐操作層面，高等學校與企業具體在哪些維度上可以融合？如何融合？需要設計什麼樣的激勵機制，才能有效推動高等學校與企業界主動破除壁壘，跨越兩者之間的巨大鴻溝實現融合？解決這一系列問題，需要變革哪些規章制度？這些問題成為“產教融合”成功的理論基石，需要在理論上深入再思考並釐定清晰，在實踐操作層面上，則需要破局，化解困境。
無論在理論還是實踐操作上，“產教融合”均面臨一系列亟待釐定清楚的困境
一是在理論層面，“產教融合”的內在機理仍未被破解，導致在操作層面上缺乏理論支撐與指導，難以設計出“產教融合”的相關機制，再疊加上外部體制等諸多因素的影響，“產教融合”即使被提到前所未有的高度，目前仍然處於“兩張皮”的狀態，遠談不上“融合”。
二是高校與企業界深度“融合”的內驅力不足，缺乏相應的激勵機制推動，高校與企業界雙方主動融合的自覺度與國家對“產教融合”的期許之間，還存在一定的差距，高等學校與產業界的鴻溝難以實現實質性的跨越。整體而言，目前“產教融合”主要限於企業參與高校的人才培養方案、開設一些專題講座、提供實踐基地等淺層次的合作以及部分科技型企業向高校釋出的一些產學協同育人專案，而且是區域性的單維度合作，還沒有上升為一種推動高校與產業界深度融合的長效機制。
三是高等學校與產業界對各自角色與定位均未實現根本性的轉變，作為兩個特質完全不同的社會系統，雙方在慣性思維框架內，難以實現深度融合。高校作為知識組織，遵循學科邏輯組織知識活動，培養各類人才，展開學術研究，理論知識傳授與增擴是其傳統的主要職能，讓高校轉變理念，以真實需求為導向，聚焦於市場、產業需求、創新創業、科技成果轉化等現實問題，以企業為主體推進協同創新和成果轉化，這意味著高校必須從整體上進行系統性變革。與此同時，中中中國產業界的人才需求與科技成果研究傳統上仰賴高校以及科研機構供給，本身沒有承擔這類職能的自覺，在“產教融合”中，要求其作為組織主體，突破瓶頸，履行人才培養、協同創新、成果轉化等職能，同樣意味著企業需要重新定義自身的角色與使命。
四是“產教融合”主體對各自定位與行動路線不清晰。不同高校因為優勢與定位不同，以及不同企業發展的需求不同，產教融合的行動路線與行動方略自然是不同的，不可能照搬某些固定
大學與企業是異質的兩類社會組織，其各自的本質屬性、履行的社會職能、機制設計與執行模式、組織結構等方面迥異，融合難度極大；在實踐操作層面，高等學校與企業具體在哪些維度上可以融合？如何融合？需要設計什麼樣的激勵機制，才能有效推動高等學校與企業界主動破除壁壘，跨越兩者之間的巨大鴻溝實現融合？解決這一系列問題，需要變革哪些規章制度？這些問題成為“產教融合”成功的理論基石，需要在理論上深入再思考並釐定清晰，在實踐操作層面上，則需要破局，化解困境。
無論在理論還是實踐操作上，“產教融合”均面臨一系列亟待釐定清楚的困境
一是在理論層面，“產教融合”的內在機理仍未被破解，導致在操作層面上缺乏理論支撐與指導，難以設計出“產教融合”的相關機制，再疊加上外部體制等諸多因素的影響，“產教融合”即使被提到前所未有的高度，目前仍然處於“兩張皮”的狀態，遠談不上“融合”。
二是高校與企業界深度“融合”的內驅力不足，缺乏相應的激勵機制推動，高校與企業界雙方主動融合的自覺度與國家對“產教融合”的期許之間，還存在一定的差距，高等學校與產業界的鴻溝難以實現實質性的跨越。整體而言，目前“產教融合”主要限於企業參與高校的人才培養方案、開設一些專題講座、提供實踐基地等淺層次的合作以及部分科技型企業向高校釋出的一些產學協同育人專案，而且是區域性的單維度合作，還沒有上升為一種推動高校與產業界深度融合的長效機制。
三是高等學校與產業界對各自角色與定位均未實現根本性的轉變，作為兩個特質完全不同的社會系統，雙方在慣性思維框架內，難以實現深度融合。高校作為知識組織，遵循學科邏輯組織知識活動，培養各類人才，展開學術研究，理論知識傳授與增擴是其傳統的主要職能，讓高校轉變理念，以真實需求為導向，聚焦於市場、產業需求、創新創業、科技成果轉化等現實問題，以企業為主體推進協同創新和成果轉化，這意味著高校必須從整體上進行系統性變革。與此同時，中中中國產業界的人才需求與科技成果研究傳統上仰賴高校以及科研機構供給，本身沒有承擔這類職能的自覺，在“產教融合”中，要求其作為組織主體，突破瓶頸，履行人才培養、協同創新、成果轉化等職能，同樣意味著企業需要重新定義自身的角色與使命。
四是“產教融合”主體對各自定位與行動路線不清晰。不同高校因為優勢與定位不同，以及不同企業發展的需求不同，產教融合的行動路線與行動方略自然是不同的，不可能照搬某些固定