首先擔保公司保函和銀行保函具備相同的法律效力，承擔的責任相同，可以完全互換。區分公司保函和銀行保函就看該保函是誰出具的，即有相關機構的公章及相關代表人簽字或印章。在國內，保函一般都是銀行或者相關金融機構如擔保公司等出具保函。由擔保公司出具的保函，稱為公司保函或者商業保函；銀行出具的保函，稱為銀行保函。擔保公司保函的取得較為容易，費用也較低，但由於其本質為商業信用擔保，所以公信力較低。另外，公司保函大多有很強烈的地域特色，某一地區被承認的擔保公司多是由當地相關部門如建委等批准，因而其出具的保函也只在本地區內被承認。不過，這也是部分地區的侷限性，好的擔保公司公信力也是被大眾認可的。所以，如果辦銀行保函實在有困難，只要甲方同意，來擔保公司辦理商業保函也是一個不錯的選擇。銀行保函，由於其出具方的專業金融性質和實質大擔保的能力更強以及銀行信用等特點，因而公信力較擔保公司出具的保函更強。所以許多大型的工程招標過程中，甲方會指定要求乙方出具銀行保函而非擔保公司保函。與只之相對應的是，銀行保函的取得過程相對於公司保函而言要求更為嚴格，最基本的要求是被保證方必須在保證銀行方有足夠的授信額度，如果沒有授信額度則需要有不低於被保額度的存款準備，並且該存款在保函有效期內不可被動用。目前國內銀行保函大多用擔保公司在銀行授信開出，能開出銀行履約保函的，基本上只有建行，平安，光大等。部分招標檔案要求開到基本戶，涉及到銀行保函的轉開，只能建行操作。

透過擔保公司辦理銀行保函不需要存全額保證金，只需要繳納一些手續費即可。在銀行辦理銀行保函辦理週期更長，費用相對更高，而且要存入全額保證金。擔保公司出函快，辦理靈活，有專業人員分析問題並針對具體擔保業務，給到客戶具體方案去解決保函辦理問題。