滅亡因為分裂，也因為清朝的打擊。
準噶爾汗國的前身是和明朝對峙的蒙古瓦剌部，後來瓦剌部在崛起的蒙古韃靼部打擊下向西遷移併發生分裂，在歷史上又被稱為衛拉特部，下面又分為準噶爾部、和碩特部、土爾扈特部和杜爾伯特部等四部，也稱為漠西蒙古。所轄地區北至額爾齊斯河、鄂畢河、葉尼塞河上游地區，南至天山，東到阿爾泰山和蒙古杭愛山分界線，西包巴爾喀什湖地區。
到了十七世紀，準噶爾部強大起來，將土爾扈特部向西壓迫，致其與杜爾伯特部、和碩特部的一部被迫遷到了伏爾加河下游地區。向東壓迫杜爾伯特部，奪其領地，逼其內附清朝。並企圖兼併和碩特部，入侵青海。準噶爾部又擊敗哈薩克人，翻過天山征服回部諸察合臺汗及伊斯蘭教派白山派與黑山派，飛兵拉薩，凌攝西藏，終於建立起了強大的準噶爾汗國。其疆域北接額爾齊斯河、鄂畢河、葉尼塞河上游，南到西藏阿里地區，西包巴爾喀什湖，東至蒙古薩彥嶺及色愣格河流域，極盛時達四百多萬平方公里。
1634年，準噶爾部的首領哈喇忽剌去世，其子巴圖爾即位，對外擴張疆土，並在1638年在博克塞裡（今博克賽爾蒙古自治縣）建成自己的都城；1640年，制定了《衛拉特法典》，正式建立了準噶爾汗國。
巴圖爾被稱為巴圖爾琿臺吉，連續兩次擊退俄羅斯的侵略，迫使俄羅斯承認了準噶爾汗國，兩國互通貿易。此前1636年後金已經改國號為清。1648年，巴圖爾琿臺吉授命喇嘛咱雅班第達將過去的蒙文改造而制定成“託沁”文字，作為準噶爾汗國的統一文字。
興衰
1653年，巴圖爾琿臺吉去世，其第五子僧格繼承汗位，但其眾兄弟不服，起兵反叛，內戰爆發，至十七世紀六十年代，僧格才平定了叛亂，但在1671年，他就被自己的兩個哥哥--車臣和卓特巴巴圖爾暗殺，他的三個兒子都年小，汗位難以得到延續，在汗國將要陷入分裂時，他的弟弟——正在西藏學習佛學的噶爾丹（僧格的同母弟）徵得老師五世達賴喇嘛的同意，還俗，快速回國，在和碩特首領鄂齊爾圖車臣汗的援助下，擒殺了車臣，並將卓特巴巴圖爾趕往青海，使國家恢復安定，他自己成為準噶爾汗國的新一代大汗，稱為“博碩克圖汗”。
滅亡因為分裂，也因為清朝的打擊。
準噶爾汗國的前身是和明朝對峙的蒙古瓦剌部，後來瓦剌部在崛起的蒙古韃靼部打擊下向西遷移併發生分裂，在歷史上又被稱為衛拉特部，下面又分為準噶爾部、和碩特部、土爾扈特部和杜爾伯特部等四部，也稱為漠西蒙古。所轄地區北至額爾齊斯河、鄂畢河、葉尼塞河上游地區，南至天山，東到阿爾泰山和蒙古杭愛山分界線，西包巴爾喀什湖地區。
到了十七世紀，準噶爾部強大起來，將土爾扈特部向西壓迫，致其與杜爾伯特部、和碩特部的一部被迫遷到了伏爾加河下游地區。向東壓迫杜爾伯特部，奪其領地，逼其內附清朝。並企圖兼併和碩特部，入侵青海。準噶爾部又擊敗哈薩克人，翻過天山征服回部諸察合臺汗及伊斯蘭教派白山派與黑山派，飛兵拉薩，凌攝西藏，終於建立起了強大的準噶爾汗國。其疆域北接額爾齊斯河、鄂畢河、葉尼塞河上游，南到西藏阿里地區，西包巴爾喀什湖，東至蒙古薩彥嶺及色愣格河流域，極盛時達四百多萬平方公里。
1634年，準噶爾部的首領哈喇忽剌去世，其子巴圖爾即位，對外擴張疆土，並在1638年在博克塞裡（今博克賽爾蒙古自治縣）建成自己的都城；1640年，制定了《衛拉特法典》，正式建立了準噶爾汗國。
巴圖爾被稱為巴圖爾琿臺吉，連續兩次擊退俄羅斯的侵略，迫使俄羅斯承認了準噶爾汗國，兩國互通貿易。此前1636年後金已經改國號為清。1648年，巴圖爾琿臺吉授命喇嘛咱雅班第達將過去的蒙文改造而制定成“託沁”文字，作為準噶爾汗國的統一文字。
興衰
1653年，巴圖爾琿臺吉去世，其第五子僧格繼承汗位，但其眾兄弟不服，起兵反叛，內戰爆發，至十七世紀六十年代，僧格才平定了叛亂，但在1671年，他就被自己的兩個哥哥--車臣和卓特巴巴圖爾暗殺，他的三個兒子都年小，汗位難以得到延續，在汗國將要陷入分裂時，他的弟弟——正在西藏學習佛學的噶爾丹（僧格的同母弟）徵得老師五世達賴喇嘛的同意，還俗，快速回國，在和碩特首領鄂齊爾圖車臣汗的援助下，擒殺了車臣，並將卓特巴巴圖爾趕往青海，使國家恢復安定，他自己成為準噶爾汗國的新一代大汗，稱為“博碩克圖汗”。