按照溶解效能來分，農藥可以分為水溶性和脂溶性兩種。水溶性農藥主要有敵百蟲、乙烯利、殺蟲雙等；脂溶性農藥大多為有機磷類農藥，如樂果、氧化樂果等。

目前用於果蔬的農藥大多以脂溶性農藥為主，這是因為脂溶性農藥的滲透性遠遠大於水溶性農藥，其防治效果會比水溶性的農藥好很多。但與此同時，這一現象也造成脂溶性農藥在果蔬表面的殘留量遠遠高於水溶性農藥。傳統用水浸泡的方法，只能去除果蔬表面的水溶性農藥，卻不能除去其主要殘留物質—脂溶性農藥。且在浸泡過程中，水溶性農藥會溶解在水中並形成具有一定濃度的水溶液，若浸泡時間過久，則很有可能導致水中的農藥被果蔬重新吸附。

此外，若是浸泡時間過久，還會造成蔬菜中的許多水溶性營養素如維生素C、維生素B以及鈣、鎂、鐵、鋅等溶解在水中從而造成其營養成分損失。曾經有人做過相關研究發現，當蔬菜的浸泡時間超過15分鐘後，其維生素C含量損失率達90%以上。

因此，用清水長時間浸泡果蔬的這一方法並不科學，不僅不能提高農殘的去除率，甚至可能會造成果蔬重新吸附農殘及營養成分流失。