盜墓筆記》中最大的謎團主要是終極的秘密和小哥的身世，其實二者是一個問題，都是由長生秘密衍生出來的，真假三叔、齊羽等故事線都以終極為主，因為覬覦長生做了手腳，導致了長達數千年的錯誤。

按照時間線來講，很久很久之前，外星球有塊隕石（也可以說是飛行器）墜落地球，外星生物也就是所謂的“伏羲氏”，當時伏羲氏已經掌握了長生的秘密，並在地球上繁衍生息。

伏羲氏族人都是人首蛇身，平均壽命超過一千年，但大約四千年前，伏羲氏文明衰落，族人失去長生秘密變回普通人，伏羲氏後人根據前人記載研究永生。

西王母利用雞冠蛇、隕玉和屍蟞完成永生，但需要待在隕玉中不能離開，西王母帶走了所有雞冠蛇把自己囚禁在西王母宮中。萬奴王用蚰蜒實驗長生，但失敗後變成了十二隻手的怪物，只能生活在雲頂天宮的青銅門兩邊。

萬奴王為守護終極秘密創造了長壽的張家，讓張家世代守護終極秘密，可西王母愛上凡人洩露了長生秘密，得到鬼璽和玉傭死亡魯殤王名震一時，後來又出現了利用蛇眉銅魚記錄萬奴王永生秘密的汪藏海。

汪藏海利用萬奴王和西王母的永生秘密復活自己，設下圈套和陷阱，創造了汪家和張家作對，企圖復活自己，消滅張家和老九門，而小哥進入青銅門是想消滅萬奴王終結永生秘密，也是想終結張汪兩家長達上千年的糾纏。

1，真正的三叔自西沙以後就去哪裡了？如果他還在這個世界上且從海底墓中出來了，他沒道理這麼多年都不回家啊！除非他去往了另一個時空！那就太扯淡了！

2，文錦在王母國見到無邪的時候說阿寧深不可測，那時阿寧都已經死了，這文錦是怎麼知道的？

3，青銅巨門後面到底所謂終極是什麼呢？難道是時空穿梭？

4，秦嶺神樹感覺跟其他東西都沒聯絡，那樹是怎麼修起來的？還有兩條大蛇打架，感覺很奇怪。

5，那王母國的隕石裡面到底藏著怎樣的玄機？

悶油瓶不會真是時空穿梭來的人吧？那太俗套了！文錦到底怎麼了？ 假裝三叔的解連環有怎樣了？

6，去西王母那的是真的三叔還是假的？

7，那麼真的三叔在海底墓後去了哪裡？

8，悶油瓶是真傻還是假傻？他的記憶為什麼之前還好到了後期記憶力反而衰退了？

9，為什麼在寄給阿寧的錄影帶中會有無邪在地上爬？