雜交水稻指選用兩個在遺傳上有一定差異，同時它們的優良

性狀

又能互補的水稻品種，進行

雜交

，生產具有雜種優勢的第一代雜交種，用於生產，這就是雜交水稻。 轉基因是改變基因序列，新增外源基因。本質上有區別。

袁隆平在一次研討會上說過轉基因食品的安全性不能一概而論，並且說如果把玉米的基因轉移到水稻上的話，但是做沒做這方面的研究尚未公佈，只是前幾天有新聞說他的團隊在南方某地培育了一種高棵水稻，是不是轉基因品種尚不得而知。

雜交水稻並非轉基因的，不過袁老支援轉基因技術，他的研究團隊也也有研究人員從事轉基因水稻研究，比如他們希望將黃豆中的固氮基因轉到水稻中，可以減少化肥的用量。

雜交技術與轉基因技術不是對立的，而是互補的，雜交技術需要去野外尋找和篩選野生突變型稻種，過程繁瑣工作量大，週期長，能否成功完全靠運氣，而轉基因技術則能快速培育出與野生稻種突出效能一樣的育種新材料，甚至可以創造野生稻種所沒有的優良效能，如抗旱，抗蟲等。

同樣，轉基因技術也離不開雜交技術，比如轉基因技術培育出有抗旱、抗蟲等優良效能的育種新材料之後，必須利用雜交技術，將雜交水稻的高產等效能整合到新品種中，這樣培育出的新品種則會具有抗蟲、高產等多種優良效能。