原理上，一個是基於流體力學，一個是基於空氣動力學。

工作方式上，現在制導魚雷佔大多數，魚雷制導方式為有線制導和尾流制導，或者是無制導，空對空和地對空導彈制導方式一般為紅外和雷達制導，但反坦克導彈有些採用有線制導，地對地導彈有無線電制導，星光制導和慣性制導，慣性制導也是不受控，但導彈和魚雷相對一般火箭不同的是，都有自動駕駛儀。

魚雷大多數用於潛艇和軍艦發射，攻擊目標為潛艇或者水面艦艇。

導彈實際上就是可以制導控制的炸彈，攻擊目標較多。大致可以分為 地對地，地對空，空對空，空對地，也有岸艦導彈等。也可以按洲際導彈戰術導彈等分類。類別比較繁多。簡單地說，導彈攻擊的目標種類，攻擊的方法都比較多變。而魚雷不論從裝藥，制導，用途，還有打擊範圍都與導彈差別較大，主要用於攻擊海里的目標。

魚雷的載體有飛機、水面艦艇和潛艇，一般用來攻擊水面艦艇和水下的潛艇。透過有線制導、尾流跟蹤、聲納識別等技術，去搜尋和攻擊敵艦艇。現在為提高魚雷的航速和攻擊距離，在魚雷上加裝火箭助推裝置。

導彈的使用廣泛比魚雷大得多，有空對空、空對地、空對艦、地對空、地對艦、地對地、艦對艦、艦對空、艦對地，等等。又分戰略導彈和戰術導彈、亞音速、超音速和高超音速導彈。其彈種又為巡航式、飛航式和彈道式等等。制導方式更多更復雜，有紅外製導，雷達制導，慣性制導等等。發射載體形形色色，發射方式五花八門，攻擊物件多種多樣。