這問題問得有點高啊，

滿清修《明史》，就是為了宣誓明朝的滅亡，因為只有國家滅亡了才修史，滿清1644年入關，並定都北京，開始統治中原，而大明帝國也是1644年崇禎自縊為節點，宣告滅亡的。

南明小朝廷都是崇禎死後的事了，如果承認他們的地位，那滿清是正統還是南明正統呢？承認南明，滿清算什麼？

何況，南明何時對南方做過有效的統治？

明史由滿清修撰，從順治朝即開館修史，那時南方還未平定，永曆政權同清的戰爭正如火如荼，雙方政治，軍事上的較量還在持續，清人和南方的永曆政權之間的正統之爭也很激烈，這關乎到執政者地位的合法性，是極嚴肅的政治問題，清初的莊廷龍明史案，戴明世案都是因用南明的弘光，隆武，紹武，永曆這些南明年號紀年而至殺身滅族，清人不願承認南明這些地方小政權存在的和法性，盡力抹掉明清易代之際漢人與清人殊死搏殺的歷史記憶，做為官修之明史自然也就不願記載南明這幾個小政權亡國之君的事蹟，所以明史記錄的明朝已於1644年隨著朱由檢的自縊而終結，明亡於流寇之手，與滿清無關，南明皇帝不能算做正統，他們沒有資格被載入明史之帝王本紀。