漕運在中國歷史上形成過一套較完整的制度，並有相應的一套管理系統。元代海運的最高管理機構是中書省，具體辦事機構是其“左司”下轄“糧房六科”中的“海運科”，主要由分處南北的兩大組織系統承辦。內河漕政的管理機構亦數經變更，江淮都漕司負責江南至瓜州，(在今江蘇六合)段，京畿都漕運司接收前司漕糧，負責中灤(今河南封丘南)至大都糧運。

許多朝代都設專管漕運的官員，如唐朝設定了轉運使，宋朝設定了發運使，元朝設了都漕司二使。

明初曾設漕運使，後又建立糧長制度，負責漕糧的徵收和解運。永樂二年以漕運總兵官取代漕運使。景泰二年(1451)始設漕運總督，與總兵官同理漕政

清代設漕運總督總管漕運，下有各省糧道分管各地漕政，押運有管糧通判及糧道，趲運有沿河鎮漕將領及鎮江道，另有巡河御史等官員沿河稽察。漕運總督駐江蘇淮安，掌魯、豫、蘇、皖、浙、贛、湘、鄂八省漕運。

作為一個古往今來的大運河，這條河流經過了隋朝大力的開發之下，形成了很好的運河經濟帶，但，就算是在良好的環境，也需要專門管理運河的部門，所以隋朝又專門設定了一個運河監管部門，它就是漕運總督，負責在運河上的各個通關，閘口，商貿等等各級發生在運河上的大事小事，這個運河總督下面有詳細區分了各個官職要務，它們分別是巡漕御史、郎中、監兌、理刑、主事等級別和職掌各不相同的屬官。督催有御史、郎中，押運有參政，監兌、理刑管洪、管廠（造船廠），管閘有主事，其中有將近兩萬人分別且井然有序的，各司其職的管理著各個漕運細節，也使漕運更加暢通，君主的統治方向更加明確了！