《名偵探柯南》裡，柯南的真實身份對很多角色來說一直是個秘密，柯南向身邊的人刻意選擇隱瞞，一方面是為了讓自己能夠以新的身份去調查黑衣組織，另一方面更是怕黑衣組織來滅口，不但自己有危險，還會連累身邊的人，畢竟工藤新一在黑衣組織裡是已經死掉的人。
從漫畫劇情來看，目前知道柯南真實身份的也就工藤夫婦、阿笠博士、灰原哀、服部平次、赤井秀一、世良真純和貝爾摩德這幾個人，除了貝姐以為，其它知情者都是柯南親人或者信賴的人，按常理來說是不可能透露他真實身份的人。
那麼組織唯一有可能知道柯南身份的訊息來源就是來自貝姐，但貝姐不知道出於什麼原因並沒有把這事彙報給那位先生，所以黑衣組織裡除臥底外，應該只有貝姐一個人知道這事。而貝姐對柯南的態度，看似是很欣賞柯南的，不僅數次保護了柯南和小蘭，很有可能是因為當初毛利蘭曾經救過貝姐的性命，所以貝姐不對柯南和小蘭動手。而黑衣組織其它人壓根不知道，所以談不上對柯南動手，也僅有琴酒會懷疑過。
除了貝姐這條線上外，黑衣組織還有別的渠道知道這事嗎？也有這種可能，之前一直說的組織二號人物朗姆，經過青山老師在漫畫中兩次出現的紅茶遊戲中，我們隱約可以知道朗姆是黑方派到紅方的臥底，其實仔細看過漫畫認真去分析，有數項線索指向FBI的詹姆斯為朗姆，但漫畫還沒正式揭露，所以還只能是猜想。
那麼假如詹姆斯是朗姆，而在《紅與黑的碰撞》篇裡，柯南跟FBI的各位走的很近，那詹姆斯應該有理由會懷疑柯南的真實身份，就算詹姆斯有把柯南身份的情報傳回黑衣組織，那麼組織有可能立馬派人來處理掉柯南嗎？答案是不能，因為一旦組織做出這種行為，那就意味著紅方這邊的情報洩露，除了上述說的幾個知道柯南身份的人是不可能再有人透露的，那麼柯南和赤井秀一會懷疑FBI本身有內奸，那詹姆斯的立場就很尷尬，可能無法再給組織提供任何情報，所以組織也不會冒這個險。
所以以上兩種情況下，無論組織是否知道柯南的真實身份，也不會貿然行動。
《名偵探柯南》裡，柯南的真實身份對很多角色來說一直是個秘密，柯南向身邊的人刻意選擇隱瞞，一方面是為了讓自己能夠以新的身份去調查黑衣組織，另一方面更是怕黑衣組織來滅口，不但自己有危險，還會連累身邊的人，畢竟工藤新一在黑衣組織裡是已經死掉的人。
從漫畫劇情來看，目前知道柯南真實身份的也就工藤夫婦、阿笠博士、灰原哀、服部平次、赤井秀一、世良真純和貝爾摩德這幾個人，除了貝姐以為，其它知情者都是柯南親人或者信賴的人，按常理來說是不可能透露他真實身份的人。
那麼組織唯一有可能知道柯南身份的訊息來源就是來自貝姐，但貝姐不知道出於什麼原因並沒有把這事彙報給那位先生，所以黑衣組織裡除臥底外，應該只有貝姐一個人知道這事。而貝姐對柯南的態度，看似是很欣賞柯南的，不僅數次保護了柯南和小蘭，很有可能是因為當初毛利蘭曾經救過貝姐的性命，所以貝姐不對柯南和小蘭動手。而黑衣組織其它人壓根不知道，所以談不上對柯南動手，也僅有琴酒會懷疑過。
除了貝姐這條線上外，黑衣組織還有別的渠道知道這事嗎？也有這種可能，之前一直說的組織二號人物朗姆，經過青山老師在漫畫中兩次出現的紅茶遊戲中，我們隱約可以知道朗姆是黑方派到紅方的臥底，其實仔細看過漫畫認真去分析，有數項線索指向FBI的詹姆斯為朗姆，但漫畫還沒正式揭露，所以還只能是猜想。
那麼假如詹姆斯是朗姆，而在《紅與黑的碰撞》篇裡，柯南跟FBI的各位走的很近，那詹姆斯應該有理由會懷疑柯南的真實身份，就算詹姆斯有把柯南身份的情報傳回黑衣組織，那麼組織有可能立馬派人來處理掉柯南嗎？答案是不能，因為一旦組織做出這種行為，那就意味著紅方這邊的情報洩露，除了上述說的幾個知道柯南身份的人是不可能再有人透露的，那麼柯南和赤井秀一會懷疑FBI本身有內奸，那詹姆斯的立場就很尷尬，可能無法再給組織提供任何情報，所以組織也不會冒這個險。
所以以上兩種情況下，無論組織是否知道柯南的真實身份，也不會貿然行動。