當然是可以稅前扣除的，並且應當併入取得交通費的公司高管人員當月工資薪金，作為應付職工薪酬，列入相關成本或者費用進行稅前扣除。同時，公司應當依法履行代扣代繳個人所得稅的義務。

對於企業職工取得的交通費補貼，不管是現金形式、還是在限額內據實報銷用車支出方式，都要併入職工個人當月的“工資薪金所得”，作為企業的應付職工薪酬進行入賬，計入資產成本或者相關費用。會計分錄如下：

列支時，

借：管理費用/在建工程/製造費用等

貸：應付職工薪酬

實際發放時，

借：應付職工薪酬

貸：銀行存款

不管是以現金形式發放，還是以限額報銷的形式予以發放，都不需要取得交通費補貼的職工個人再單獨提供發票。

同時，企業按規定向職工支付職工福利費、工會經費和職工教育經費，都要把交通費補貼納入計提的基數。

另外，需要注意的是，交通費補貼計入工資薪金總額，應該作為企業計提繳納社保費，住房公積金等的繳費計算依據，根據五險一金的計算方法，按照規定計提，不得人為降低繳費計算基數。

國家稅務總局2006年下發《國家稅務總局關於個人因公務用車制度改革取得補貼收入徵收個人所得稅問題的通知》（國稅函[2006]245號），對於因公務用車制度改革而以現金、報銷等形式向職工個人支付的收入，規定均應視為個人取得公務用車補貼收入，按照“工資、薪金所得”專案計徵個人所得稅。

需要注意的是，並不是取得的交通費補貼都需要全額計入工資薪金所得計提繳納個稅。各省市根據稅務總局的規定，實施了不同公務交通費的扣除標準。在限額範圍內，在計算個稅時允許扣減，超過限額標準部分則要計算繳納個稅。

例如天津市允許扣除限額標準為500元，超過部分就要納入工資薪金所得繳納個人所得稅。

綜上所述：企業發放的交通費補貼，應該納入應付職工薪酬科目進行核算，不需要員工個人提供發票進行扣除，只需按照工資薪金髮放的內部憑據等，按照企業所得稅法有關規定進行扣除；另外，企業應當注意及時履行代扣代繳個稅的義務，防止漏報風險。

答案是肯定可以在企業所得稅前扣除的。但交通補貼1000需併入高層管理人員的工資，合併繳納增值稅。

因為公司高層管理人員每月工資裡的交通補貼1000，是算做員工的福利費。入賬時計入管理費用-職工福利費。職工福利費，在企業所得稅前是可以扣除的。

但福利費在企業所得稅前扣除，是有一個扣除限額的。也就是說，全年累計的職工福利費不能超過工資的12%，超過部分，在所得稅前不能扣除的。

公司高管能發1000的交通補貼，那普通員工肯定也能發300-400的交通補貼吧，這些都是可以稅前扣除的。

同樣的，如果公司在工資裡發放通訊補貼，伙食補貼等等，也都是可以稅前扣除的。

現在疫情的特殊時期，如果還有公司發放現場辦公人員的疫情補貼，也是可以扣除的。