按照法律效力，行政許可法屬於行政法範疇，公司法屬於商法。從法律效力上，不管是行政法還是商法肯定是大於行政檔案。你說的特定時間不讓營業，應該是某種更細節性規定，基本原則是效力更下位法律法規可以在上位法的範圍內做更細節性規定。如果超出上位法的範圍的規定，應該是不可以的。這裡規定特定時間不能營業如果不影響許可實質，我覺得沒什麼問題。

《行政許可法》和《公司法》效力上處於同一層次，你所說的行政檔案不知具體內容是什麼，不排除特殊時期特殊對待的情況，比如疫情期的教培規定等等

這種話聽起來堂而皇之，證據確鑿有法可依。法律的根本是維護正當權益，保證公民的生活秩序。有三種情況屬於例外，應當中止行政許可事項。第一種出現突發情況，或者稱為緊急狀態，為維護多數公民的生命健康權力，行政命令可以中止許可行為。第二是法律永遠是滯後的，不能預見和約束新發現的突出問題，上一級行政機關可以凍結某些許可事項，防止利益侵害行為。第三是法律法規邊界不清，有人鑽法律的空子，或者故意打擦邊球，謀取不正當利益。比如說教培機構的天價收費，引起公民的強烈詬病，需要完善必要的法律措施。讓行業步入健康正規的的秩序。

按照《憲法》和《立法法》規定的立法體制，法律效力位階共分六級，它們從高到低依次是：根本法、基本法、普通法、行政法規、地方性法規和行政規章。

比較法律效力位階的最直接辦法就是比較該法律法規制定的機關，《行政許可法》和《公司法》的制定機關是全華人民代表大會常務委員會，一般行政檔案無論是行政法規還是部門規章制定機關是國務院或者國務院各部等有行政管理職能的直屬機構，顯然級別低於全華人大常務委員會，因此《行政許可法》和《公司法》的效力位階高於行政檔案。

許可法正常情況下法律效力比檔案大，但是檔案如果是解釋比許可法還大的法律法規時，那麼就是檔案的效力大，這要明確啊！是檔案的內容決定的誰更大，有的檔案內容作用是施法解釋，這個時候檔案就是該法的進一步延伸和說明了，所以碰撞的不是法律和檔案，是法律和法律，不要光看表面，表現容易混淆，個人看法希望幫得到你。