四級主任科員與副科級實職有本質的區別，但在一定條件下，二者又可以實現轉換或重疊。
第一，四級主任科員和副科級的性質不同。2019年6月1日起施行的新《公務員法》規定，公務員實行職務與職級並行制度，根據公務員職位類別和職責設定公務員領導職務、職級序列。領導職務層次分為：國家級正職、國家級副職、省部級正職、省部級副職、廳局級正職、廳局級副職、縣處級正職、縣處級副職、鄉科級正職、鄉科級副職。廳局級以下設定公務員職級，綜合管理類公務員職級序列分為：一級巡視員、二級巡視員、一級調研員、二級調研員、三級調研員、四級調研員、一級主任科員、二級主任科員、三級主任科員、四級主任科員、一級科員、二級科員。因而，副科級屬於領導職務，四級主任科員屬於公務員職級，其職務可能是科員，也可能是副科級領導職務。
第二，四級主任科員和副科級可以實現轉換或重疊。根據《公務員法》的規定，根據工作需要和領導職務與職級的對應關係，公務員擔任的領導職務和職級可以互相轉任、兼任;符合規定的資格條件的，可以晉升領導職務或者職級。因此，副科級領導可以直接對應兼任四級主任科員，在達到一定任職條件且在職數空缺的情況下，可以逐級晉升三級主任科員、二級主任科員，也就是說副科級領導可能兼任的是四級主任科員，也可能兼任的是三級主任科員、二級主任科員。不在副科級實職領導崗位上的四級主任科員，僅享受相應職級、級別的經濟待遇，沒有領導職務；當有職數空缺，工作成效突出，且經德、能、勤、績、廉等綜合考察，按領導幹部選拔任用的相關規定和程式可以轉任副科級領導職務；在職數空缺且條件符合的前提下，經組織綜合考察，也可以逐級晉升三級主任科員、二級主任科員。因而，四級主任科員既可能是在副科級領導崗位上，也可能不在副科級領導崗位上。
第三，四級主任科員和副科級晉升的前景有區別。下面僅將四級主任科員作為不在副科級領導崗位的物件進行討論。四級主任科員晉升職級實行逐級晉升，要晉升到二級主任科員至少需要四年，即先晉升到三級主任科員，滿兩年後才符合晉升二級主任科員的條件；四級主任科員若要晉升領導職務，除特別優秀的走破格提拔程式外，一般只有先轉任為副科級後，才能提拔為正科級領導職務。副科級領導職務可以在任職兩年後晉升到二級主任科員，即在任副科級領導職務滿兩年即提拔為正科級領導職務，對應二級主任科員，而不經過三級主任科員的晉升。
第四，四級主任科員和副科級享受的經濟待遇不同。公務員的領導職務、職級與級別是確定公務員工資以及其他待遇的依據。副科級領導職務的職務工資高於四級主任科員，若副科級領導兼任的職級為三級、二級主任科員，其級別工資也比四級主任科員高得多。而醫療、住房、交通補貼等其他經濟待遇則按職務而不是職級核定，副科級無疑比科員職務高。
第五，四級主任科員和副科級所承擔的責任和享受的權利不同。擔任領導職務且兼任職級的公務員，主要按照領導職務進行管理，由上級黨委任免，接受上級紀委監督；按領導幹部進行職責分工，承擔領導責任；參與同級領導幹部的相關會議，參與相關工作的決策。不擔任領導職務的職級公務員一般由所在機關進行日常管理，承擔科員或相應工作崗位的工作任務，接受相應的工作監督和考核，享受相應的權利。
四級主任科員與副科級實職有本質的區別，但在一定條件下，二者又可以實現轉換或重疊。
第一，四級主任科員和副科級的性質不同。2019年6月1日起施行的新《公務員法》規定，公務員實行職務與職級並行制度，根據公務員職位類別和職責設定公務員領導職務、職級序列。領導職務層次分為：國家級正職、國家級副職、省部級正職、省部級副職、廳局級正職、廳局級副職、縣處級正職、縣處級副職、鄉科級正職、鄉科級副職。廳局級以下設定公務員職級，綜合管理類公務員職級序列分為：一級巡視員、二級巡視員、一級調研員、二級調研員、三級調研員、四級調研員、一級主任科員、二級主任科員、三級主任科員、四級主任科員、一級科員、二級科員。因而，副科級屬於領導職務，四級主任科員屬於公務員職級，其職務可能是科員，也可能是副科級領導職務。
第二，四級主任科員和副科級可以實現轉換或重疊。根據《公務員法》的規定，根據工作需要和領導職務與職級的對應關係，公務員擔任的領導職務和職級可以互相轉任、兼任;符合規定的資格條件的，可以晉升領導職務或者職級。因此，副科級領導可以直接對應兼任四級主任科員，在達到一定任職條件且在職數空缺的情況下，可以逐級晉升三級主任科員、二級主任科員，也就是說副科級領導可能兼任的是四級主任科員，也可能兼任的是三級主任科員、二級主任科員。不在副科級實職領導崗位上的四級主任科員，僅享受相應職級、級別的經濟待遇，沒有領導職務；當有職數空缺，工作成效突出，且經德、能、勤、績、廉等綜合考察，按領導幹部選拔任用的相關規定和程式可以轉任副科級領導職務；在職數空缺且條件符合的前提下，經組織綜合考察，也可以逐級晉升三級主任科員、二級主任科員。因而，四級主任科員既可能是在副科級領導崗位上，也可能不在副科級領導崗位上。
第三，四級主任科員和副科級晉升的前景有區別。下面僅將四級主任科員作為不在副科級領導崗位的物件進行討論。四級主任科員晉升職級實行逐級晉升，要晉升到二級主任科員至少需要四年，即先晉升到三級主任科員，滿兩年後才符合晉升二級主任科員的條件；四級主任科員若要晉升領導職務，除特別優秀的走破格提拔程式外，一般只有先轉任為副科級後，才能提拔為正科級領導職務。副科級領導職務可以在任職兩年後晉升到二級主任科員，即在任副科級領導職務滿兩年即提拔為正科級領導職務，對應二級主任科員，而不經過三級主任科員的晉升。
第四，四級主任科員和副科級享受的經濟待遇不同。公務員的領導職務、職級與級別是確定公務員工資以及其他待遇的依據。副科級領導職務的職務工資高於四級主任科員，若副科級領導兼任的職級為三級、二級主任科員，其級別工資也比四級主任科員高得多。而醫療、住房、交通補貼等其他經濟待遇則按職務而不是職級核定，副科級無疑比科員職務高。
第五，四級主任科員和副科級所承擔的責任和享受的權利不同。擔任領導職務且兼任職級的公務員，主要按照領導職務進行管理，由上級黨委任免，接受上級紀委監督；按領導幹部進行職責分工，承擔領導責任；參與同級領導幹部的相關會議，參與相關工作的決策。不擔任領導職務的職級公務員一般由所在機關進行日常管理，承擔科員或相應工作崗位的工作任務，接受相應的工作監督和考核，享受相應的權利。