表面上是比睿山一向宗服從足利義昭，與信長對抗。

根本上是信長要建立一個全新的社會體系，任何阻當他的舊勢力，他都會毫不留情的剷除掉。

其實，織田信長與佛教勢力敵對的原因並不複雜，一者，織田信長不允許在自己的領地內有挑戰自己權威的勢力，二者，延歷寺為代表的寺社與織田家有著非常大的利益衝突。

當時的日本有著一種名為“座”的商業壟斷聯盟，這些“座”大多都處於貴族與寺院的控制之下。舉個例子，在延歷寺的領地之內，一些特殊商品只有加入“座”的商人才能夠銷售與運輸，相對的，這些加入“座”的商人們也要向延歷寺繳納會員費。

樂市樂座

眾所周知，織田信長在領地內施行了一項振興商業的“樂市樂座”政策，廢除了“座”的存在。正因如此，虎口搶食的織田信長才會引起寺院的不滿，尤其是像延歷寺這樣的大寺，雙方敵對，也是遲早的事情。

織田信長上洛初期，在京畿的立足並不算穩定，然而他沒有向舊勢力妥協，依舊堅持施行“廢除關所”以及“樂市樂座”等政策。事實證明，農業與商業的繁榮讓織田家越來越富有，實力也越來越強大，最終奠定了統一日本的基礎。

織田信長非常實在，他看出織田家之所以能夠從一介地方土豪變成天下人，靠的就是四個字，不是“阿彌陀佛”，而是“我很有錢”。

比叡山是日本天台宗山門派的總本山，織田信長火燒比叡山的直接原因是這樣的：

元龜元年（1570）織田信長的敵人朝倉、淺井聯軍在被信長攻擊弄得走投無路之時投奔比叡山，比叡山對其提供軍費與保護，信長要求比叡山方面交出自己的敵人，但是比叡山根據傳統的慣例以及自身的傳統立場，對信長的要求嚴詞拒絕。

而至於根本原因，則是這樣的：

當時的日本佛教寺院擁有不輸不入之權，就是寺院不需要納稅上貢，世俗統治者也無權管理寺內事務，同時寺院擁有僧兵，也就是出家人身份的武士，因此，比叡山其實就等於一方大名，當他們成為織田信長的敵人時，行事無忌的信長也就按照對待一般敵人的方式對付他們。

織田信長火燒比叡山實際上並不是針對佛教，而是消滅一個敵對的大名，但是帶來的後果使得他受到很多信奉佛教的人士的反彈，有人認為明智光秀髮動本能寺之變的原因就與火燒比叡山有關。