關於這個問題回答如下：

1.母公司以土地投資入股子公司，相當於出售土地使用權，根據（財稅【2015】36號）檔案規定，無形資產轉讓行為應依法申報增值稅應稅銷售額。如果是營改增以前取得的無形資產可以採取增值稅簡易計稅辦法計算繳納增值稅，如果是營改增以後取得的土地使用權，增值稅一般納稅人按一般計稅辦法申報繳納增值稅，增值稅小規模納稅人按簡易計稅辦法申報繳納增值稅。

2.母公司以土地對子公司進行投資，是一種土地轉讓行為，根據《土地增值稅暫行條例》規定，轉讓國有土地使用權及其建築物、附著物屬於以其他方式轉讓土地使用權的行為，按規定應申報繳納土地增值稅。

3.母公司以土地入股子公司，會計核算屬於一種資產處置行為，處置產生的資產處置損益自然記入企業會計利潤總額並作為企業所得稅應稅收入。此外還涉及契稅、印花稅等稅種的計算與申報繳納。

母公司以土地投資入股子公司，需要繳納增值稅，是否涉及土地增值稅需要視具體情況而定。

1、增值稅。

以土地使用權投資入股子公司，土地使用權需要由母公司變更到子公司。在這個過程中，土地使用權發生了轉移。依據《財政部 國家稅務總局關於全面推開營業稅改徵增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號）檔案附件1相關規定，這種行為屬於增值稅的徵收範圍，應該繳納增值稅，並以土地使用權屬變更的當天作為納稅義務發生時間。

如何繳納增值稅呢？

（1）計稅依據。

（2）適用稅率。

母公司以土地使用權投資子公司，一般納稅人適用的增值稅率為9%；小規模納稅人實行簡易計稅，徵收率為3%。

（3）過渡政策。

依據《關於進一步明確全面推開營改增試點有關勞務派遣服務、收費公路通行費抵扣等政策的通知》（財稅〔2016〕47號）檔案規定，如果以2016年4月30日前取得的土地使用權投資，可以選擇適用簡易計稅方法，以取得的全部價款和價外費用減去取得該土地使用權的原價後的餘額為銷售額，按照5%的徵收率計算繳納增值稅。

2、土地增值稅。

依據土地增值稅暫行條例及實施細則規定，母公司以土地投資入股子公司並取得子公司的股權，屬於轉讓國有土地使用權並取得了收入，屬於土地增值稅的徵收範圍。但是，為了鼓勵企業改制重組，國家出臺了相關稅收優惠政策。

依據財稅〔2018〕57號、財政部 稅務總局公告2021年第21號檔案規定，單位在改制重組時以房地產作價入股進行投資，對其將房地產轉移、變更到被投資的企業，暫不徵土地增值稅，但是上述政策不適用於房地產轉移任意一方為房地產開發企業的情形。

依據上述政策，如果母子公司雙方中的任何一方均不是房地產企業，母公司以土地投資入股子公司，免徵土地增值稅；如果任何一方從事房地產開發，那麼這種投資行為就需要繳納土地增值稅。