首先，要確定的是，死海古卷中記載，現今地球上的人類並不是亞當的後裔，是莉莉絲與撒旦的後裔，當年乘坐諾亞方舟來地球的原亞當後裔因為數量原因，被地球的人類逐漸淘汰滅絕，而人類取而代之自詡為亞當的後裔，上帝是不承認其為亞當後裔的身份。所以人類是永遠無法到神之側的，死後只能去地獄。二是“約定之日”的由來，上帝發動洪水淹沒所有巨人和身負罪孽的人類後，神的身邊沒有了陪伴之人，但是神認可亞當和莉莉絲的身份，允許他們迴歸神之側，人只能透過迴歸莉莉絲，才能到達神之側，第三就是那些天使的身份，EVA裡的天使（也就是使徒來自亞當），但是在死海古卷裡則是上帝派去保護亞當的，因為當年諾亞方舟來地球時，也把亞當的聖身（胚胎）帶了下來，並被諾亞埋在了南極，上帝為了防止人類接觸亞當的聖身，在當年犯了罪孽的200位看守天使中，除去被打入地獄和在天界負罪的人，派了12位看守天使去看守亞當的聖身，以迎接約定之日的到來，在EVA裡這些設定得到了改編

因為使徒們要和使徒之父亞當結合才能完成新一輪的進化，繼而生存下去。

而第二次衝擊之後人類把亞當還原成了胚胎隱藏了起來，卻把莉莉絲偽裝成亞當的樣子，放置在NERV的巨大的地下基地中間，誤導使徒尋找的方向。

所以在明面上的意義，第三新東京市和EVA正是為此建立，迎擊使徒。